单细胞转录组 - 文集

Overview 由于在单细胞数据（如RNA-seq、ATAC-seq）中观察到的稀疏性，细胞特征（如基因、峰）的可视化经常受到影响和不清楚，特...

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前言往往在每一篇单细胞文章的Figure 1中，我们都可以看到一个描绘细胞在cluster或者在样本的含量图。因此，本文就是为了介绍如何绘制这...

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前言由于后续开始着手利用python进行单细胞数据分析的实战学习，于是将Jupyter提前在服务器内布置好，并且为了方便运行和使用，修改点设置...

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前言，今天刚好在群里看到有人问“请问10X一个样本测多少个G比较好”，群主给出了答复，但是我对300这个数怎么来的还是不理解，出于好奇心，于是去...

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这篇文章在2020年7月上传到了bioRxiv（Inference and analysis of cell-cell communicatio...

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写在前面最近在做GSVA，做到我有点自闭，不是因为这个算法有多难，而是他所耗费的时间有点夸张。加上校园网这两天时不时“调皮”一下，做了两次，等了...

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最近在学习cellphoneDB，顺便写一个学习记录吧。简介 CellPhoneDB是一个可公开获取的受体、配体及其相互作用的存储库。配体和受...

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今天在使用一个R包分析scRNA数据时，遇到了一个困难，就是这个R包的函数要求输入文件必须为mtx格式文件，然而我使用的那个数据，原作者只提供了...

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如果大家没有自己的数据或者没有选到合适的数据集的话，可以直接拿示例数据（10X官网演示数据）就行了。10X官网里多个演示数据：https://s...

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