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基因组学
30篇文章 · 24147字 · 5人关注
  • 近缘物种基因组之间基因id转换

    例如有Zeamays B73 V3的vcf想 转为V4版本的vcf,就可以使用liftover进行。 如果有Zeamays B73 V4版本的基...

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  • 使用NLR-Annotator工具鉴定NBS-LRR位点

    从NLR-Annotator-2 github[https://github.com/steuernb/NLR-Annotator/tree/N...

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  • 比较基因组学新工具CEGA

    CEGA是一个基于C语言开发的比较基因组自然选择的工具。GB CEGA原始文献[https://genomebiology.biomedcent...

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    TEsorter：TE的分类和可视化

    来源于：https://github.com/zhangrengang/TEsorter[https://github.com/zhangren...

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    基因组古多倍化

    研究基因组加倍、WGD、古多倍化的专家列表：人员名单来源：https://wap.sciencenet.cn/blog-3459184-1268...

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    mcmctree估计物种的分化时间

    mcmctree需要3个输入文件 多序列比对的phy格式文件（注意：这个phy和一般软件的phy不太一样）使用脚本把多序列比对的fa格式转为ph...

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    使用EDTA评估基因组LAI值

    EDTA的功能设计是用来de novo注释全基因组的TE序列 安装EDTA EDTA github[https://github.com/ou...

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  • SV变异的鉴定

    常规的基因组水平的SV变异很容易鉴定，比如syri或anchorwave都可以鉴定，我已写好对应的流程。但是对于大规模的群体水平的SV鉴定仍然是...

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    基因组中卫星DNA鉴定工具：srf

    李恒课题组最新出品的srf用于鉴定基因组中的卫星DNA.预发表地址： https://doi.org/10.48550/arXiv.2304.0...

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