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    SNP数据的AMOVA分析 和 Mantel分析

    一 AMOVA分析 1 将 VCF 转换为 arp 格式,定义population PGDspider软件 2 导入Alrequin 并定义gr...

    1.5 5631 5 12
  • Stairway-plot群体动态图

    一 首先用BayesScan删除受选择的位点1.输入文件:PGDSpider将VCF 转为GESTE/BayScan格式,即下面的bates....

  • Fst

    vcftools计算Fst VCFTOOLS官网[http://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html...

  • 杂合度

    1 使用plink挑选个体 注意bsz.txt是要提取的样本名,为两列。

  • 遗传多样性参数计算

    1 使用vcftool计算pi值 输入文件:SNP_qc0818.vcf,未LD过滤,若文件较大则过滤更好工作路径:/home2/yl/abi/...

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    2.7 6867 0 13
  • PSMC分析有效群体大小(Ne)

    1 软件准备 bwa samtools bcftoolspicard psmc 2 数据准备 二倍体物种(该分析是结合杂合度来分析的)!! Re...

  • plink计算近交系数

    1.提取个体list bcftools query -l SNP.filtered.vcf > ind.txt 2.计算近交系数 # 不能有mu...

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