简介 BWA，即Burrows-Wheeler-Alignment Tool。BWA 是一种能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组上的...

GREAT(Genomic Regions Enrichment of Annotations Tool)是一种广泛使用的基因组区域功能富集工具...

参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/373388304[https://zhuanlan.zhihu.com/p/3...

作为一个从没有做过转录组上游分析的小白，以前都是直接用公司的数据，今天终于要自己动手比对基因组了！ 环境搭建 首先下载mamba，相对conda...

这里以食管癌（Esophageal carcinoma，ESCA）为例 首先使用R包TCGAbiolinks下载ESCA的数据 上述代码运行完毕...

clusterProfiler是进行富集分析最常用的工具。在我们进行差异分析得到很多差异基因之后，我们可以分别对上调的基因和下调的基因进行差异分...

方法选择 做差异分析需要的数据：表达矩阵和分组信息 当表达矩阵为counts时，优先使用edgeR；当只有TPM时，TPM的分布接近芯片数据，使...

第一步，对所有样本进行中心化 第二步，求特征协方差矩阵 第三步，求协方差矩阵的特征值和特征向量 第四步，将特征值按照从大到小的顺序排序，选择其中...