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基因课－生物信息22天课程笔记
22篇文章 · 6446字 · 3人关注
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    2022-10-26-富集分析2

    GSEA分析 gsego # 所需工具需要文件-1.genelist-2.gene KWGG Pathway 富集 -差异基因-基因与KEGG...

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    2022-10-25-富集分析

    Go分类 ORGdb 下载、加载包 获取目标物种的orgdb数据 -差异基因-基因与Go的对应关系（orgDb）来源：1.现有的19个物种的软件...

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    2022-10-24-ggplot2

    ggplot2绘图 准备差异表达数据 由上个文档中的数据框得到，再把需要对比的样本组导入 画图 -创建画布 -画散点图 标度控制了映射的方式-图...

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  • 2022-10-21-差异表达基因探索

    样本关系分析 样本聚类分析 探索样本之间的关系，锁定关键的样本 差异表达基因探索 维恩图、火山图、热图-差异参考数值fold change(表达...

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  • 2022-10-20RNAseq数据挖掘

    数据挖掘分析 -1.导入样本信息表尽可能描述样本的表型特征 -2导入表达矩阵 皮尔森相关系数协方差+Z值表示基因之间的相关程度 计算样本之间的相...

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  • 2022-10-19-Tidyverse

    Tidyverse -一堆软件包的集成ggplot、stringr等 数据的格式转换 -t() # 转置 library(tabble) # 行...

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  • 2022-10-18-R语言的基础（二）

    报告式运行 Rmarkdown的运行方式文学化编程 程序式运行 运用R的网页版连接服务器，建立脚本在服务器后台运行 切换目录 -getwd()/...

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  • 2022-10-14差异表达

    差异表达分析95120 组的含义是样本在不同时期基因表达的差异 1.输入 -生成的config.matrix，表示为reads counts 矩...

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    2022-10-13比对、定量

    比对到参考基因组上 -1.hisat2 # 基因比对的软件 构建index hisat2-build # 查询官方文档参考使用方法*in -s ...

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