下载Miniconda
- 下载地址：conda清华镜像
- 查看当前服务器多少位
uname -a - 下载Miniconda。wget+空格+下载地址
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
下载miniconda
安装Miniconda
运行上一步所下载的脚本文件（Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh）
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活Miniconda
source ~/.bashrc
添加conda镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
Miniconda的使用
- 查看Miniconda所包含的软件
conda list - 搜索软件与安装软件(fastqc)
conda search fastqc
conda install fastqc -y - 卸载软件
conda remove fastqc -y
注：-y表示自动安装/卸载（默认安装/卸载最新版本）如果要指定版本号：conda install fastqc=0.11.7 -y
创建不同的conda环境（conda Environment）
- 查看当前conda有哪些环境
conda info --envs
2.创建新的conda环境
比如我们要处理转录组数据了,先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y - 激活新的conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
