《著作权法》第19条：“受委托创作的作品，著作权的归属由委托人和受托人通过合同约定。合同未作明确约定或者没有订立合同的，著作权属于受托人。”题目中的软件属于委托作品，题干中就著作权归属，委托合同中没有明确约定，所以著作权应当归属于受托人，应该归乙公司所有，Ａ项错误；
《著作权纠纷案件解释》第27条规定：侵害著作权的诉讼时效为三年，自著作权人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。权利人超过三年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在持续，在该著作权保护期内，人民法院应当判决被告停止侵权行为；侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算三年计算。乙公司虽然是在５年之后起诉，但侵权行为在起诉时仍在持续，并在该著作权保护期内，所以法院应当判决被告停止侵权行为，Ｂ项错误；
《计算机软件保护条例》第30条规定：“软件的复制品持有人不知道也没有合理理由应当知道该软件是侵权复制品的，不承担赔偿责任；但是，应当停止使用、销毁该侵权复制品。如果停止使用并销毁该侵权复制品将给复制品使用人造成重
大损失的，复制品使用人可以在向软件著作权人支付合理费用后继续使用。”丙公司基于善意，但也认定侵权，只是不承担赔偿责任，但要停止使用，销毁侵权复制品，Ｃ、Ｄ项正确。
综上，本题答案为ＣＤ。
