本片主要是围绕两个中心人物来展开的——孙传庭和吴又可。以“瘟疫”作为线索，将一个志在医人的郎中和一个志在医国的军人巧妙的结合展开，成功塑造了一个忠臣和一个医者的不同宿命。他们一个是临危受命、统领明朝最后一批精锐之师的督师，一个是倦怠于太医院庸医弄权的官场的腐败而辞官做了江湖游医的落魄医士。孙传庭欲救国，故操练士兵，整饬吏治，然而吏治积弊已久，又兼乡绅豪强横行。吴又可求医道，故判别疫情，寻找瘟疫传播机理，却不为恩师所理解。当瘟疫越演越烈，并夺走了恩师的生命时，孙传庭请吴又可出任军医。至此，使地位和际遇的悬殊本不可能产生交集的人，因一场瘟疫让他们的人生和命运从此联系在了一起，一场场悲欢离合和人间惨剧也至此开始上演。最终，医国者身死异乡而国破灭，医人者急流勇退，选择隐世著书终而医道常存。
虽然影片主要是围绕瘟疫展开，但不难看出，造成大明王朝的灭亡不单单是这样的天灾，而是种种积弊造成，这些原因都是造成大明王朝最终走向没落的因素。
影片中孙曾问吴：“大明朝是否气数已尽？”吴答：“不治已病治未病，不治已乱治未乱。历朝历代皆是始兴终衰，其中道理又可以为皆是重驭世之术，轻经世之道。我朝积弊已久，非一味猛药可以痊愈。”此处道理可以看出，医人与医国殊途同归，历代王朝总是由盛而衰，由衰而亡的过程，而凡王朝久而未亡者，均是统治者有忧患意识且重视百姓的利益，把民放于首位，所谓：民为重，社稷次之，君为轻。此为经世之道。而统治者若总是想着如何剥削统治百姓而非想着如何为民谋福，王朝危矣。居安思危，思则有备，有备则无患。人患病而未能及时医治，亡去的仅是一人。国患病而久未能治，亡去的却是整个国家。
大明王朝自明太祖朱元璋驱元出中原而建立王朝以来，又经历了明成祖朱棣的开疆拓土之后，成为了世界上最强大的帝国，但是辉煌的大明王朝终究还是逃脱不了历代封建王朝先盛后衰，再而竭，再而亡的历史规律，毁在了崇祯的手中。
总体来说非常真实，表现了病毒的可怕。
