细胞交互的验证
细胞交互,横纵兼容
在受体细胞的部分跟前面的教学一脉相承,方法可以继承过来,横向的多元变量组合,纵向 的分子修饰、剪切都可以兼容
分泌吸收,跨越回复
除了受体细胞的横纵兼容外,供体细胞的分泌 和受体细胞的吸收过程都是需要验证并提供数据的。
在回复实验中,操作主变量往往不在受 体细胞,可以在供体细胞,也可以阻断运输载体,同时在受体细胞逆转下游效应环节观察表 型,这就有跨越细胞进行两个变量操作的属性。只有跨越细胞能够实现的表型回复,才能说 明细胞交互本身对于信号传导的必要性,这一点跟单细胞模型的思路存在区别。
主变量是lncRNA
但是 lncRNA 比 miRNA 更加复杂的地方在于,一旦研究深入到直接机制的范畴,miRNA 只 需要考虑靶基因 RNA-RNA 交互作用一种模式就行了
lncRNA 的作用形式从 RNA-RNA 到 RNA-蛋白,还有 RNA-DNA 都是能走通的,甚至还有三元直接交互————RNA 连接两个蛋白,或者 RNA 连接蛋白和 DNA 的交互作用(RNA 交互和蛋白交互两个方向)
1)RNA方向
lncRNA 介导 ceRNA 机制的套路玩法。 ceRNA 是一套至少三元变量、两组 miRNA 直接机制的组合套路,工作量比 miRNA+靶基因的二元 策略增加了一倍不止 只要把必要的论证环 节都充分照顾到。
ceRNA 再升级一下,就可以与细胞交互结合起来,在受体细胞里面做一 套 ceRNA 论证,再加上外泌体中 lncRNA 主变量的差异表达、细胞交互的功能表型、外泌 体的特征鉴定数据、阻断供体细胞 lncRNA 的 lossoffunction 以及供体细胞 lncRNA 表达改 变的上游机制等等。
1)蛋白方向
在胞核其作用可以考虑顺式作用,调节下游基因转 录;
在胞浆定位可以从转录后、翻译水平的调控入手。
3)场景
表达差异的筛选和验证是在囊泡中的,需要阻断囊泡或者沉默供体细胞 的目标 lncRNA 分子,来观察供体细胞分泌产物对受体细胞的表型影响,用细胞上清刺激或 者 Transwell 共培养体系来进行细胞交互操作。分泌讨论完还有吸收问题,要先用电镜、 Biomarker 等验证囊泡特性,然后用荧光示踪观察受体细胞摄入情况,甚至还要标记 lncRNA 证明供体细胞发挥功能的分子是来源于受体细胞的。这些数据都补充完,才跟 lncRNA 与蛋 白互作介导靶基因 m6A 甲基化这个直接机制内容连接上
基础科研质量评价体系关键要素(分高分低区别)
1.IDEA 的创新性
表现在主变量与表型、疾病的原创关联,以及主变量与机制因变量的原创关联,满足这两点, 创新性上就没问题
2.数据的逻辑层次
逻辑 12 宫图的
第一层是单变量代入五恒量,每篇文章都有变量,至少是单变量,哪怕是单变 量课题也可以用表型的嵌套来增加层次感,比如缺氧套转移、自噬套耐药,把一种表型当作 解释另一种表型形成的原因。
第二层是变量组合形成间接机制,多元变量组成的因 果关系是文章复杂性的主要来源。
第三层是分子交互构成的直接机制,这里除了分 子直接结合,还有修饰剪切的横纵嵌套模
式,有两种增加层次感的手段,可以叠加使用。横纵嵌套也有因果逻辑,上游变量是驱动纵向展开的要素,纵向展开也会影响下游变量环节以 及表型环节,构成一个严密的逻辑链条。
第四层是细胞交互,或者称为细胞嵌套, 把多元变量、间接或者直接机制再放到一个从哪里来到哪里去的空间场景里,进一步充实故 事情节,增加了合成、分泌、运输、识别、摄入、效应这些环节,里面每一步都有具体的作 用机制可以延展,形成宏大的世界观架构。表型嵌套、变量组合、分子交互、横纵嵌套再加 上细胞交互,5 层逻辑嵌套大满贯的文章起码是 10 分的底子
3. 数据的严谨性
生信数据挖掘,组织、细胞、分子、动物、生信五个维度,这些不同维度的数据是相互印证, 在说明同样的问题。
组织表达有差异,跟预后有关系,说明分子介导的功能可能与疾病发生 发展有关。
细胞模型上过表达或者沉默观察到表型变化证明分子确实影响表型,动物实验一 样还是验证分子与表型的关系。
组织来源的、细胞来源的、动物来源的,我们基础科研一共 就只有这三种数据的来源,分子和生信是可以归入细胞和组织来源的:分子来源于细胞实验, 而数据挖掘挖的是别人的组织标本检测结果。