顺治十八年正月初七日（1661年2月5日），清世祖顺治帝因天花驾崩于养心殿，终年二十三岁。哀诏于二月一日下达吴县（今属江苏省苏州市），府衙设灵，举哀痛哭三日。
这一年，上任不久的吴县新任县令任维初私取公粮三千余石，逮捕交不出税款的老百姓，为追收欠税，鞭打百姓，并杖毙一人，亏空常平仓的漕粮，取出千余石，让县总吴行之拿出去卖，并要百姓补偿亏空。这些行径激起了苏州士人的愤怒。
至署升堂，开大竹爿数十，浸以溺，示曰：“功令森严，钱粮最急，考成殿最，皆系于此；国课不完者，日日候比，不必以三六九为期也。”初二日午间即出此。负欠数金者责二十，欠三钱以上者亦如之，稍轻反责隶，有以痛而出声者，则大怒，令隶扼其首，必使无声，故受仗者，皆鲜血淋漓，不能起立。无何而一人仗毙矣，合邑之民，无不股栗。十八年正月中旬，维初入常平仓，每石食米，取七升三合，统计得千石，付县总吴行之粜焉。盖是时官收民兑，故粮有缺少，仍各户补偿。——《哭庙记略》
二月初一，金圣叹与百余名文士在孔庙悼念顺治帝驾崩。因同情农民的遭遇，金圣叹和众秀才写了“揭帖”，到哭灵场所控告县官任维初中饱私囊，鱼肉百姓。金圣叹亲自写了《哭庙文》道：
顺治十八年二月初四，江南生员为吴充任维初，胆大包天，欺世灭祖，公然破千百年来之规矩，置圣朝仁政于不顾，潜赴常平乏，伙同部曹吴之行，鼠窝狗盗，偷卖公粮。罪行发指，民情沸腾。读书之人，食国家之廪气，当以四维八德为仪范。不料竟出衣冠禽兽，如任维初之辈，生员愧色，宗师无光，遂往文庙以哭之。——《哭庙文》
这一天，千余人携着金圣叹的《哭庙文》“鸣钟撃鼓”，“号呼而来”，从文庙来到府衙灵堂，鸣冤告状，欲逐知县。这时候金圣叹在联络更多的联众，并没有去府衙。
时任江苏巡抚朱国治，搜刮无度，人称“朱白地”。见状大骇，令左右上前擒人。有十一人被抓，其余人作鸟兽散。
朱国治命人审讯卖粮的吴行之，吴行之交待卖米四百石，得银三百二十两，交给县官任维初。接着又问任维初为什么要卖粮？任维初说：“我上任才两个月，没有钱，但是抚台索贿太急，不得已只好卖粮。”
犯官到任止二月，无从得银，而抚台索馈甚急，故不得已而粜粮耳。
朱国治听任维初牵扯到自己，大惊，急忙与任维初商量，修改口供。他给了任维初一块牌子，上面大略写着：“兵饷甚急，多征粮米，以备不虞。”这样，任维初便立于无过之地。
四月二十七日，金圣叹被抓。金圣叹到后，先“两夹、杖三十，圣叹口呼先帝”，审官怒曰：“上初即位，何得更呼先帝，以诅皇躬耶？”掌二十，下到狱中。
朱国治以“诸生倡乱抗税，并惊动先帝之灵”的罪名上报朝廷。清廷有意威慑江南士族，于是在江宁（南京）会审，议定金圣叹等人"摇动人心倡乱，殊于国法"，以叛逆罪判处斩首，“不分首从，立决处斩，妻子奴仆，家资财物，当地入官。”
六月二十六日（1661年8月7日），金圣叹在南京三山街被执刑。和他同时被处斩的共有八人。
金圣叹在狱中，写有家书：
杀头至痛也，籍没至惨也，而圣叹以无意得之，不亦异乎！若朝廷有赦令，或可相见，不然，死矣！
与此案相关的共有十案，七月十二日，朱国治在江宁署中，坐立不宁。担心迟则生变，“杀人之念大炽”，本来十三日未时立秋，而于巳时未立秋之前，将十案人尽数弃市。
七月十三日，立秋，《哭庙记略》记载道：
是日也，十案共一百二十一人：凌迟二十八人、斩八十九人、绞四人。分五处斩决，抗粮及无为二案，决于江宁之三山街。是时四面皆披甲围定，抚臣亲监斩。至辰刻，于狱出罪人，反接，背插招旗，口皆塞栗木，挟而趋走如飞，亲人观者稍近，则枪柄刀背乱下。俄而礮声一震，则众人之首皆殒，披甲乱驰，众官骇散，法场之上，惟有血腥触鼻，身首异处而已。
金圣叹擅长扶乩，他的儿子叫金雍，有一次请他乩仙，判词为“断牛”，金雍一直不明白是什么意思。金圣叹被杀后，妻子流放宁古塔。在他们的住处后面，有一块断碑，上面只有一个“牛”字。
