【Linux】安装了两个conda,如何迁移虚拟环境?

写在前面

不知不觉就把事情搞复杂,是我的天赋Orz...
这篇终于解决了Linux集群关于conda的历史遗留问题。
事情是这样的,最早我接触集群的时候,所有人的软件都是安装到一个叫software的文件夹下的,当时刚了解conda,看到集群有其他人装过Anaconda2,就简单设置了个环境变量就开始构建我的各种虚拟环境了。
这个过程中遇到很多问题,尤其是安装R和R包的安装过程,各种报错和无法安装,那个时候我以为是conda不好用,现在看其实是安装权限的问题。
于是,在又双叒叕遇到R包安装限制的时候,我痛定思痛终于在自己目录下安装了Anaconda3。
随着R装包限制的解除,新的问题又来了,我之前辛辛苦苦调试好的各种虚拟环境随着conda环境变量的改变,难道都不能用了么???
所以,我要解决的问题是“在同一个Linux集群上安装了两个conda,如何迁移虚拟环境?
下面请欣赏我摸爬滚打的过程。。。

初级解决方法

最初的我懒得动脑,就搞了个最麻烦的办法,就是同时设置两个conda的环境变量,使用哪个conda的虚拟环境,就把另外一个注释掉。

vi ~./bashrc
#conda 1
export PATH="/software/Anaconda2/bin/:$PATH"
#conda 2
#export PATH="/myname/Anaconda3/bin/:$PATH"

但问题是,我总有同时需要两个conda创建的虚拟环境的时候吧,比如我用conda 1创建的py3.5环境提交了一个脚本,但又想用conda 2创建的R4.0环境画图,那怎么办,总不能单线程处理问题,那太浪费时间了。

于是我开始问度娘,得到了这个问题的解决方法。

进阶解决方法

迁移虚拟环境,然后环境变量的conda就只设置自己目录下的那个地址。

进阶方法一

参考:conda虚拟环境离线迁移(Linux系统亲测好用)
这个方法也可以打包一份所有的虚拟环境备份保存,便于以后使用。

Step1:激活想要迁移的虚拟环境,在其中安装conda-pack工具包
  source activate env_name
  conda install conda-pack
  conda isntall -c conda-forge conda-pack
  或者采用pip安装
  pip install conda-pack
  或者采用pip从git源码安装
  pip install git+https://github.com/conda/conda-pack.git

Step2:将当前虚拟环境打包
  conda-pack
  ls
  # env_name.tar.gz 即为打包完成的输出文件
  conda deactivate

Step3:将example.tar.gz迁移到其他路径或其他机器
  mv env_name.tar.gz ~/computer_two

Step4:在另一台机器上或是目录下解包
  cd ~/computer_two/
  # env_name.tar.gz 即为迁移过来的环境包
  mkdir env_name
  tar -xf env_name.tar.gz -C env_name
  ls
  # env_name.tar.gz env_name

Step5:激活虚拟环境

source env_name/bin/activate
#如果上面命令提示激活不成功,或报错
#报错信息 conda /activate: No such file or directory
#解决方法(参考:https://blog.csdn.net/u014636245/article/details/83933402)
conda activate env_name
#重新设置下~./bashrc里conda的路径
source ~/.bashrc

但我操作过程中遇到某些虚拟环境下没有conda-pack并且这个死活安装不上的情况
然后我发动win系统下不打包直接移动文件夹的小心思,简单粗暴的解决了这个问题。
设置conda虚拟环境亲测可以,但类似其他操作有风险,可能会有软件依赖的情况,需谨慎处理

进阶方法二

直接将conda 1 的envs文件夹下你想要迁移的虚拟环境复制到conda 2 的envs文件夹下,然后更新下环境变量即可。

cp -r /conda01/envs/py35 /conda02/envs/
#刷新下环境变量
source ~/.bashrc (/conda02/bin)
#激活环境
source activate py35
#再次刷新下环境变量
source ~/.bashrc

此外,如果你想解决虚拟环境下某些安装包限制的问题,可以尝试修改Anaconda文件夹的权限和虚拟环境的权限来尝试解决,命令为chmod何chown。

另外,有另外一篇帖子ubuntu 安装两个Anaconda,并迁移虚拟环境写如何修改默认的conda环境,也可以参考一二。

如果有更好地方法解决这个问题,或是可以把其中的内在逻辑或原理讲的很清楚的大神,欢迎评论区或私信指点一二,不胜感激。

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 194,319评论 5 459
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 81,801评论 2 371
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 141,567评论 0 319
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 52,156评论 1 263
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 61,019评论 4 355
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 46,090评论 1 272
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 36,500评论 3 381
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 35,192评论 0 253
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 39,474评论 1 290
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 34,566评论 2 309
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 36,338评论 1 326
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 32,212评论 3 312
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 37,572评论 3 298
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 28,890评论 0 17
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 30,169评论 1 250
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 41,478评论 2 341
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 40,661评论 2 335

推荐阅读更多精彩内容