MiXCR

GitHub - milaboratory/mixcr: MiXCR is an ultimate software platform for analysis of Next-Generation Sequencing (NGS) data for immune profiling.

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Analysis overview - MiXCR

Introduction of MiXCR

MiXCR是一款通用软件，用于快速准确地分析原始T细胞或B细胞受体序列数据。它适用于任何类型的测序数据：

• 带或不带UMI的批量曲目排序数据
• 单细胞测序数据，包括但不限于10x基因组学方案
• RNA-Seq或任何其他类型的片段/霰弹枪数据，这些数据可能只包含目标序列的一小部分
• 以及包含TCR或BCR的任何其他类型的测序数据

Installation / Download

Requirements

• Any OS with Java support (Linux, Windows, Mac OS X, etc..)
• Java 1.8 or higher

几种安装方式

• Using Homebrew on Mac OS X or Linux (linuxbrew)

• Conda

• Docker

• Manual install (any OS)

Conda

• license key

conda install -c milaboratories mixcr
# Academic users can quickly get a license at
 # https://licensing.milaboratories.com.

# 通过邮箱获得license key
mixcr activate-license
# 输入 key

Usage

• First run - MiXCR
  
  tutorials

MiXCR为许多可用的商业套件、数据类型和库准备协议提供了一个全面的内置预设列表。命令导出预设可以帮助理解预设的结构。
预设可用于使用analyze命令运行整个上游分析管道。例如

mixcr analyze <preset-name> \
      sample_R1.fastq.gz \
      sample_R2.fastq.gz \
      sample_result

软件内置的 预设 模式

Built-in presets - MiXCR

presets

mix-in

MiXCR提供了一组混合选项，允许使用高级原语配置分析管道。
虽然预设已经决定了整个分析管道，但可以使用混合选项添加额外的配置。这些选项“混合”了额外的配置或修改了给定预设的预先配置。有一个内置的mixin列表，可以方便地根据特定需求调整任何管道。

某些预设要求用户指定混合项（标志）（如上述情况中的物种）。例如，让我们考虑一个通用的预设tcr扩增子，用于分析通用tcr扩增文库。它需要指定物种、起始材料类型（DNA或RNA）、3'-和5'-文库结构（V、J或C基因上的引物/适配器）：

参数

$mixcr analyze -h

mixcr analyze [--help]

    # analyze-specific options

    [--no-reports] 
    [--no-json-reports]
    [--output-not-used-reads]  
    [--use-local-temp]
    [--threads <n>] 
    [--force-overwrite]

    # mix-ins

    [--add-step <step>] 
    [--remove-step <step>] 
    [--limit-input <n>]
    [--species <species>] 
    [--library <library>] 
    [--split-by-sample]
    [--dont-split-by-sample]
    [--sample-table sample_table.tsv]
    [--dna] [--rna] 
    [--floating-left-alignment-boundary [<anchor_point>]]
    [--rigid-left-alignment-boundary [<anchor_point>]]
    [--floating-right-alignment-boundary (<gene_type>|<anchor_point>)] 
    [--rigid-right-alignment-boundary [(<gene_type>|<anchor_point>)]] 
    [--tag-pattern <pattern>] 
    [--keep-non-CDR3-alignments] [--drop-non-CDR3-alignments] 
    [--assemble-clonotypes-by <gene_features>]
    [--split-clones-by <gene_type>]... [--dont-split-clones-by <gene_type>]...  
    [--assemble-contigs-by <gene_features>] 
    [--impute-germline-on-export]
    [--dont-impute-germline-on-export]
    [--prepend-export-clones-field <field> [<param>...]]...
    [--append-export-clones-field <field> [<param>...]]...
    [--prepend-export-alignments-field <field> [<param>...]]...
    [--append-export-alignments-field <field> [<param>...]]... 
    [--add-export-clone-table-splitting <(geneLabel|tag):key>]
    [--reset-export-clone-table-splitting] 
    [--add-export-clone-grouping <(geneLabel|tag):key>]
    [--reset-export-clone-grouping]
    [-M <key=value>]...      

    # inputs and outputs

    <preset_name> 
    ([I1.fastq[.gz] [I2.fastq[.gz]]] R1.fastq[.gz] [R2.fastq[.gz]] 
     | file.(fasta|bam|sam))  
    output_prefi

Tutorial

• Tutorial --Targeted TCR UMI libraries - MiXCR

使用数据集：

文库结构

mixcr analyze generic-amplicon-with-umi \
    --species hsa \     
    --rna \
    --rigid-left-alignment-boundary \
    --floating-right-alignment-boundary C \
    --tag-pattern '^(R1:*)\^(UMI:N{12})' \
    raw/SRR{{n}}_GSM4195461_TCR-seq_P15-T0-TIGIT_Homo_sapiens_OTHER_1.fastq.gz \
    raw/SRR{{n}}_GSM4195461_TCR-seq_P15-T0-TIGIT_Homo_sapiens_OTHER_2.fastq.gz \
    results/P15-T0-TIGIT

• Tag pattern - MiXCR