发简信
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小鼠转录组测序上游数据分析一、流程概括 RNA-seq原始数据的质量评估 低质量测序数据的过滤和清除 过滤后数据的质量评估 reads比对基因组和转录组 计数和定量 二、...
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肿瘤新生抗原预测软件和参数选择癌症疫苗靶向肿瘤细胞的抗原可以大致分为两类：肿瘤相关性抗原（tumor-associatied self-antigen）以及肿瘤特异性抗原（t...
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免疫组库分析软件MiXCR的安装和使用安装 conda安装 普通安装 在Mac OS X上使用Homebrew或者在Linux系统上使用linuxbrew安装 将已经安装的MiXCR...
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肿瘤TMB的计算原理和数学模型
美国FDA目前批准了3个检测肿瘤TMB（ tumor mutation burden）的方法：Omisc Core WES、MSK-IMPACT...
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第10章 具有共同参照的双色实验
10.1 背景介绍 现在考虑一个双色微阵列实验，其中所有的阵列都使用了通用参照。如果在整个实验中将相同的通道作为通用参照，则可以对表达值的log...
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第9章 单通道实验设计
9.1 背景介绍 与早期的微阵列不同，大多数数据现在都是单通道类型。单通道数据来自流行的微阵列技术，如Affymetrix，Illumina或A...
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第8章 线性模型概述
8.1 背景介绍 limma软件包使用称为线性模型的方法来分析设计的微阵列实验。这种方法允许分析非常一般的实验，就像分析简单的重复实验一样容易。...
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第7章 过滤
我们通常建议将微阵列平台上的所有探针进行标准化处理。 对于下游分析，通常需要删除那些看起来在任何实验条件下都不表达的探针。这被称为过滤。我们一般...
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第6章 双色数据预处理6.1 背景校正 默认的背景校正是从每个点的前景强度减去背景强度。如果RGList对象没有经过背景校正，那么normalizeWithinArr...