pindel：
需要文件：sort过的bam文件；.fa的参考文件；config.txt文件（主要是用于标准化bam文件）；bam.bai文件；.fa.fai文件将这些文件均放在一个目录A下
步骤：
①进入文件A，在目录A中输入命令：
./pindel -f xxx.fa -i xxxx_config.txt -c [chromosome] -o [outputfilename]
②则在A目录下会出现输出文件
GATK：
工作原理：
（一）GATK三大步骤：原始数据的处理——变异检测——初步分析
（二）前期准备：①软件：须安装picard，bwa，htslib
②需要文件：fastq文件
（三）原始数据处理：
①用bwa mem对fastq文件进行过滤比对——得到sam文件
②
java -jar /home/lsw/xijiaoda/GATK/GenomeAnalysisTK.jar -T CountReads -R exampleFASTA.fasta -I exampleBAM.bam
