最近一直在探索ATAC-流程，之前疫情在家的时候跟着练习了WGS和JCVI流程，有一个一个软件练习下来的，
也有借着脚本出图的
ATAC-seq练习到找peaks的步骤，因为我的编程学的还不是太好，所以我不会写脚本，希望能进步吧
ATAC-seq最近看了几篇文献，又有了些了解,先写粗糙些，等周日闲了再细更
ATAC-seq,我们主要是做数据分析的，所以我还在探索流程。
ATAC-seq技术是2013年推出的，主要是利用Tn5转座酶加上测序接头，切掉裸露的染色质区域，也就是开放的染色质，一般说来，这些区域更容易被调控元件结合
目前MACS2，UCSC可视化阶段
From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq data analysis | Genome Biology | Full Text
这篇文章讲得很详细，对于ATAC-seq流程所用到的工具
对于narrowpeak文件上传到UCSC报了一些错
Error line 1 of custom track: thickStart out of range (chromStart to chromEnd, or 0 if no CDS)
我加上标题之后也没有出图
从NCBI下载ATAC-seq数据，下载的数据是NCBI压缩的格式，需要用sra转化为fastq文件可以使用sratoolkit中的fastq-dump命令
fastq进行指控，trimmomatic去质量低的reads，trimgalore去接头
有时间续更
