发简信
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fastq文件随机取样问题(适于大数据)
3M的reads是指3000000的read num 1G是指总的数据量 涉及到fastq文件(大约13个g)随机取样，看的文献用的seqkit...
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compare脚本
最近因为运行软件脚本丢失，所以决定以后存到网上，此脚本是比较fastq文件是否相同的行数序列相同 import gzip from dateti...
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ATAC下游分析所用工具
阅读文献Chromatin accessibility changes between Arabidopsis stem cells and m...
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用python分割fastq文件的脚本（自写）
唠唠叨叨： 因为处理ATAC-seq的原始fastq数据太大（已知GEO号在ncbi上下载），所以被老师要求用python编程分割fastq脚本...
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python编程学习之路
最近导师逼着开始学编程，没办法，只能一点点啃了，有时间记录下我写的简单python小程序，哈哈，我比较懒，先开个贴 python需要练习，看别人...
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使用deeptools画热图和平均图ATAC后续可视化生成的热图和平均图可以用R包进行绘制，我这里选的是deeptools里的bamCoverage和computeMatrix功能...
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仿照别人做Arabidopsis的基因注释先传一些过程图，后期编文字 AnnotationHub的数据来源 AnnotationHub下载所需信息
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R安装Bioconductor我看的一些安装Bioconductor都是用 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") bio...
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ATAC-seq小记
最近一直在探索ATAC-流程，之前疫情在家的时候跟着练习了WGS和JCVI流程，有一个一个软件练习下来的， 也有借着脚本出图的 ATAC-seq...