生信小组DAY3--如晤

今日学习主题:学会在linux中安装软件——用linux的软件商店conda
参考生信小白第3天-linux的App Store

安装miniconda

  1. 谷歌搜索“miniconda 清华”进入下载页面
  2. linux下面有64-bit(x86_64)、32-bit(x86)两种版本
  3. 登录服务器,查看服务器位数:命令uname -a
  4. 选择最新版本安装,复制下载链接
  5. 在服务器进入已经建好的biosoft目录
  6. wget 粘贴上一步复制的下载链接
    等待下载ing……

    下载了好久就没动静了,无奈采用了planB——拷贝安装包
  7. 安装-------


    安装成功
  8. 激活------
    source ~/.bashrc
  9. 添加镜像网站
    复制下面代码到命令行,回车
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes

正式使用conda

conda list查看conda里的所有软件列表
conda search fastqc搜索软件(以数据质控软件fastqc为例)
conda install fastqc -y 安装软件 (加上-y指自动安装)
conda remove fastqc -y卸载软件

  • conda 环境
    conda info --envs查看当前conda环境
    带*的就是默认的conda环境

    “建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic”这一步安装失败,再然后继续输入没反应了。。。。
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