目前，我国非公经济组织和社会组织面大量广，加强非公经济组织和社会组织党的建设十分重要。中国共产党二十大报告强调，要“加强混合所有制企业、非公有制企业党建工作，理顺行业协会、学会、商会党建工作管理体制。加强新经济组织、新社会组织、新就业群体党的建设”。这为新时代进一步加强非公有制经济组织党建工作提出了最新的要求。各级组织部门针对扩大“两个覆盖”进行了一些探索，也取得了显著成效，呈现出鲜明的特点，但同时也存在着一些亟须克服的问题，尚需各级党组织予以重视。
一、党组织组建难。一是在认识上还存在偏差。一些企业领导对党建工作的重要性思想认识不到位，轻视非公经济组织和社会组织中党组织的作用发挥，对组建党组织态度不积极，面对街道和社区的上门动员总是以开展党建活动不方便、忙于生产经营为借口，不愿成立党支部或联合党支部。有些甚至认为党组织的成立一定程度上将干预企业的正常运行，进而认为民营企业开展党建工作是多余的。二是人员编制受限。虽然各级组织部门成立了非公经济组织和新社会组织党工委，但在实践中，由于受编制所限，工委一般由书记、副书记和1名工作人员承担具体工作，而面对庞杂的非公工作，人员配备显得有些薄弱，影响非公党组织和社会组织党建工作高质量发展。
二、党组织发挥作用难。一是党组织的工作融合性不强。非公经济组织和社会组织大多以小企业为主，受限于学历、知识水平等因素，导致支部党建工作存在虚化、弱化问题。党组织组建后开展工作找不到合适的切入点，不能与自身的生产经营想结合，还没有形成真正合力，存在为抓党建而抓党建、党建与经营“两张皮”甚至相抵触的问题。二是党建工作形式化。如:照搬党政机关或街道社区的活动方式，党务工作培训针对性也不强，开展的党员日常学习教育方式主要为自学、集体学习和讨论、主题党日活动、听辅导报告或专题讲座等，活动缺乏新意，不能激发党员参加党组织活动的热情。
三、党组织开展活动难。一是一些党组织负责人对开展党建工作不积极。有的把党的领导作用看作“管控”，怕党建工作削弱自己对党员雇员的管理和制约，思想上行动上带有抵触情绪 ; 有的认为党建工作会影响业务工作的有效开展，对加强党的领导表面迎合、实则忽视。二是党建基础保障欠缺。非公经济组织和社会组织党组织大部分没有专职党务工作者，只有少数大型公司有专职党务工作者。并且部分不是企业负责人和管理层的党组织书记在党务工作中被边缘化，受限于自身职务原因，无法有效开展支部工作，党务工作者队伍建设有待加强。在调研过程中，也有工作人员反映开展党建工作需要的资金存在审批难现象，公司对党建活动支持力度欠缺。
四、党员日常管理难。一是思想活跃。非公经济组织和社会组织从业人员大多思想活跃、价值多元，工作自由度比较高，如外卖、快递、主播等人群。有些人不同程度地存在过度关注自身经济利益的倾向，缺乏参与党组织生活的积极性;加上部分社会组织党组织成员政治站位不高，使“三会一课”、党员活动日、组织生活会、民主评议党员、党员党性定期分析等制度不能严格落实。党员更是兼职多、流动快，进一步增加了企业和社会组织党员管理难度。二是“两头不管”。非公经济组织和社会组织中的党员有的党组织关系在原单位或在社区，不愿转组织关系，导致在组织活动都不正常，实际上处于“两不管”状态。三是不愿表露身份。大部分企业都是属于规模小、人数少，存在很大的不稳定性，而流动性较大更使少数党员不愿“亮身份”，频繁的转组织关系对他们也产生一定的时间成本。此外，联合党支部覆盖单位过多，有少数联合党支部覆盖的非公经济组织和社会组织相互之间在行业、产业方面并不相近、相通，在地域方面也不相邻，当时为了组建支部而组建，单纯的把党员人数不够3人的企业放在了同一个支部，使党建工作人员开展工作时力不从心，很难将党员凑在一起开展各类活动。
