学习小组Day7笔记—X

这个我能看懂一些,真魔幻。实验室在一代测序还用PAGE凝胶时就已经开展法医物证鉴定了,现在用的是ABI 3130的毛细管电泳。

怎么区分一二三代测序

一代测序技术,也被称为Sanger测序,
特点:速度快,但是一次只能测一条单一的序列,最长能测1000-1500bp。
二代测序技术,也被称为高通量测序技术。它解决了一代测序只能测一条序列的缺陷。
特点: 在测序前对基因组文库进行剪切处理,通量高、时间短、读长短。
三代测序技术可以理解为对二代测序的一个升级
特点:三代测序技术依赖DNA聚合酶的活性,错误率高于二代测序技术。但三代的错误是完全随机发生的,可以靠覆盖度来纠错。

二代测序大体流程

以Illumina/Solexa Genome Analyzer测序为例
1)测序文库的构建(Library Construction)
将基因组文库随机片段化并加上特定接头
2)锚定桥接(Surface Attachment and Bridge Amplification)
Solexa测序的反应在叫做flow cell的玻璃管中进行,flow cell又被细分成8个Lane,每个Lane的内表面有无数的被固定的单链接头。上述步骤得到的带接头的DNA 片段变性成单链后与测序通道上的接头引物结合形成桥状结构。
3)预扩增(Denaturation and Complete Amplification)
添加未标记的dNTP 和普通Taq 酶进行固相桥式PCR 扩增,在Flow cell 的固相表面上获得上百万条成簇分布的双链待测片段。
4)单碱基延伸测序(Single Base Extension and Sequencing)
在测序的flow cell中加入四种荧光标记的dNTP 、DNA 聚合酶以及接头引物进行扩增,在每一个测序簇延伸互补链时,每加入一个被荧光标记的dNTP就能释放出相对应的荧光,测序仪通过捕获荧光信号检测出相应碱基。
5)数据分析(Data Analyzing)

NGS组学都包括哪些分类(粗略)

根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等,主要有以下几种:

  • 大规模平行签名测序(Massively Parallel Signature Sequencing, MPSS)
  • 聚合酶克隆(Polony Sequencing)
  • 454焦磷酸测序(454 pyrosequencing)
  • Illumina (Solexa) sequencing
  • ABI SOLiD sequencing
  • 离子半导体测序(Ion semiconductor sequencing)
  • DNA 纳米球测序 (DNA nanoball sequencing)等。
    来源:百度文库、 博客园emanlee

测序初步.png

R包的使用的代码到现在都没有完全明白就。。。
很垃圾

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