6.2分 生信+实验 经典套路,永不过时(一篇单基因泛癌的文章可以拆分成多个肿瘤单独发)

生信小课堂

今天给大家介绍一篇单基因生信加实验的SCI文章,文章发表于frontiers in oncology,今年的影响因子应该会在6分以上。对于单基因的分析,挑选基因最为关键。小编认为容易发表的基因要符合以下几点(符合条件越多越好):

1 在多种肿瘤中该基因高表达

2 在多种肿瘤中该基因高表达的患者预后差

3 在多种肿瘤中该基因在高分期表达较高

4 不同肿瘤中的富集分析有比较集中的几种结果

5 在一种或者多种肿瘤中与特定免疫细胞浸润相关,如巨噬细胞,CD8T细胞等

6 最好用不同的方法证明5中的结论

7 在某一种或者几种肿瘤中集中于一些免疫相关基因相关性高

8 该基因最好报道过,但是又研究较少,有一定新颖性

如果能筛选到这样的基因,再添加单基因的各种层面分析,肯定是比较容易接收的。能再加一些实验验证就更好不过了。

文章名:PAFAH1B3 Expression Is Correlated With Gastric Cancer Cell Proliferation and Immune Infiltration

影响因子:6.2

像这种单基因单肿瘤干湿结合的文章,我们分析出来的单基因泛癌的结果完全可以拆分成多篇文章一起补实验分开发表,而且有一些客户就在这么做。正所谓物尽其用!

[30种肿瘤中高表达,能预测免疫检查点疗效的基因!]

[适合发纯生信或者生信加表达验证的基因]

进入正文部分:

Figure 1: 基因泛癌差异表达情况及在胃癌中的差异表达

Figure 2: 基因在TCGA数据库中的预后分析

Figure 3:基因在胃癌中的批量相关性分析,选择正相关的top50个基因做热图

Figure 4 基因在胃癌中的富集分析,包括GO(BP MF CC),KEGG和GSEA分析。

Figure 5 基因在泛癌中与免疫浸润的关系。A图展示在泛癌中免疫细胞浸润水平在基因高低表达组的差异情况。B图展示基因与免疫细胞在胃癌中的相关性分析。

Figure 6:基因的细胞功能试验。作者在这里补充了该基因在细胞株的表达,以及敲低该基因后的增殖侵袭实验。作者还检测了几个促癌的关键基因,作为简单的机制研究。

本文结束。

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