阳明先生学朱学之时，最疑惑之处是朱子对“格物”的解释。朱子认为天下事事物物皆有定理，务必格尽天下之物，才能全知。而阳明先生认为既说连一草一木都有自然之理，凭一己之力如何尽天下之事理？阳明先生为了解开这一谜团，曾经亲身实验。据说有一次，王阳明约了朋友，二人预备实验朱子格物致知的说法，于是选择庭院里的竹子为目标，想要穷究竹子之理。二人面对竹子静坐默思，思想竹子所隐含的自然之理。三日后，友人因精神衰弱而先放弃，七日后王阳明自己也病倒了。经过此番折腾，他若笑着对友人说，“要想刻意去行圣人之道，却也受制于愚笨的资质无法如愿。”后来先生在贵州龙场呆了三年，深有体会，此时才明白，天下之物本无什么可格的，格物的功夫只能在自身心上做。他坚信人人都可做圣人，于是就有了一种责任感。
阳明先生主张心就是理，程颐认为‘在物为理’，怎么说心就是理呢？先生说：“‘在物为理’，‘在’字前面应添加一个‘心’字。这心在物上就是理。例如，这个心在侍父上就是孝，在事君上就是忠等等。”先生困而对他说：“各位要知道我立论的宗旨，我现在说心就是理，其用意是什么呢？只因世人将心和理一分为二，所以就会出现许多弊端。比如五霸攻击夷狄，尊崇周王室，都是为了一个私心，因此就不合乎理，但人们说他们做的十分合理。这只是世人的心不够明净，对他们的行为往往羡慕，并且只求外表漂亮，与心毫无关系。把心和理分开为二，它的结局是，自己已陷入霸道虚伪还没觉察到。所以我认为心就是理。要让人们明白心和理只是一个，仅在心上做工夫，而不到心外去寻求，这才是王道的真谛，亦是我立论的宗旨。”
关于“心”，王阳明历来认为它“不是一块血肉”，即不是一种客观存在的物质实体，而是一种精神实体，“凡知觉处便是心”，因此，心与身的关系是“无心则无身，无身则无心”。但心可以支配身（感觉器官），使人具有意念和知觉能力。由此推导，则得出了“意之所在便是物”、“心外无物”、“心外无理”的结论。心是血肉之躯的主宰，耳、月、口、体之所以有听、看、说、动的能力，是因为心的缘故。因为心通过“意”（即意识）的发动去指导、规定听、看、言、行的方向和方式。所以说，“你来看花时，则此花颜色一时明白起来”，如果你未看此花时，此花与你同归于寂。花之所以被认作是花，是因为你看到它时，心在作用于它。
