Linux环境下的软件安装
软件管理Miniconda
Linux的软件商店—Conda的精华版，最方便快捷的软件下载器，90%以上的软件都能搜到。
将minconda下载到服务器
1. 查看服务器位数
输入命令uname -a
2. 打开conda的清华镜像网站，复制对应服务器位数的最新下载版本
linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本，右键复制下载链接
3. 进入biosoft目录
cd ~/biosoft(输入时按Tab键自动补全)输入
wget加刚才复制的链接
Linux里鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴
安装miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
如果安装失败，需要从这里重新开始。安装过程中出现的版权信息按回车键跳过。按提示进行安装。
激活Conda
输入source ~/.bashrc激活conda。
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了。如果报错说明没进行激活命令
不成功就将miniconda这个目录删除，然后从“安装miniconda”开始重来！！注意不要删除安装包哈，要不还得浪费时间在下载上。
添加镜像
镜像网站就是主网站的副本，由于conda在国外，国内下载速度比较慢，因此配置镜像会加快下载速度
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
Conda的使用
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查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda list
查看软件列表 -
安装软件
conda install fastqc -y
-y是yes，意思是安装过程中问题全部回答yes
默认安装最新版本，但有的新版本有bug,如果要指定版本号，输入
conda install fastqc=0.11.7 -y
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确认是否安装成功
输入fastqc --help，如果出现帮助文档，说明软件安装成功
确认是否成功安装 -
卸载软件
conda remove fastqc -y
卸载软件
Conda环境
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
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查看当前conda有哪些环境
conda info --envs
例如处理转录组数据，要建立一个叫RNAseq的coonda环境，指定Python版本为3，安装fastqc, trimmomatic
conda create -n RNAseq python=3 fastqc trimmomatic -y
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再次查看环境，发现多了一个RNAseq。但默认的还是base。因此需要激活新的conda环境
再次查看环境 -
激活新环境
conda activate rna-seq
默认的*转到了rna-seq前面，用户名root前出现了rna-seq
激活新环境
输入安装的软件fastqctrimmomatic出现帮助信息
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退出当前环境
conda deactivate
退出当前环境
