王阳明六月初奉命前往福建处置兵乱，本来只是临时任务，但夫人诸氏和儿子正宪皆随行，王阳明事后透露，当时打算处理完福建公务，即逃归绍兴省亲。
王华早就对朱宸濠作乱有所警觉，他曾经对身边人说，将来有一天天下大乱，必定自此人始。于是命家人到老家上虞龙溪山中买田建房，以备将来避祸之处。
及宁王乱起，王阳明起兵平乱，宁王爪牙遍布各地，为防不测，家人都劝他移居龙溪，王华却说，前些年预先建龙溪别居，是因为老母尚在，今母亲已逝，儿子在前线抗敌，我怎么能苟且偷生，动摇后方民心，并联系郡县急调兵马粮草备战，禁止谣言传播，稳定民心。
六月十九日王阳明上书朝廷，直言宁王谋反，请朝廷派大将前来讨伐，并请放自己归省，朝廷不许，命他兼任江西巡抚，剿平叛乱后，再回家省亲。
七月二十六日，王阳明活捉宁王朱宸濠，七月三十日上《擒获宸濠捷音疏》，同日写信给弟子朱节，称宁王势盛兵壮，然旬月之内就被擒灭，这是天意，阳明怎敢叨天之功。但是，自己确实冒了被灭九族之险，带病强撑，希望朝中诸公念及此情，从此放自己休归山林，苟存余息。希望朱节从中斡旋，成全此事。王阳明最后说：“始以国难，不暇顾此；事势稍靖，念之百忧煎集，恨不能实时逃去，奈何，奈何！”
宁王之乱之初，情况危急，王阳明四处发送檄文，只有周期雍在收到檄文当天就从上杭发兵来援；还有林俊派人从莆田送西洋火铳而来；弟子冀元亨则从常德奔赴国难而来。三人离南昌皆三千余里，巧合的是，三者都在八月三日到达。
事后，王阳明特别写信给周期雍表示感激之情，并请他转告对侍御史周鵷和莆田林俊的谢意。王阳明另外也致信周震侍御史表示感谢。
费宏寄来贺词《水龙吟·贺提督王公伯安克平逆贼》并《贺中丞王公平定逆藩启》，费宏说：“窃以汉得周亚夫，遂平吴楚之乱；唐用裴中立，乃成淮蔡之勋。盖遭变知权，斯不昧被发缨冠之义；当机能断，乃不失乘墉射隼之时。”另外，费宷、夏良胜也分别发来贺信和贺启。
孙燧被害以后，他的大儿子孙堪扣地号天，五内俱裂，操刀跣足就从金华奔赴江西而来，要为父亲报仇。弟弟孙墀、孙陛也要一同而来，大哥嘱咐他们留在家里照看母亲。两个弟弟安顿好母亲以后，几天以后也奔江西而来。等他们赶到的时候，朱宸濠已成阶下囚。于是收殓父亲遗体，扶柩回余姚。王阳明与巡按御史谢源、伍希儒等官员一起为孙燧举办了祭奠仪式，并发出公文，要求沿路官府关隘护送并提供方便。
宁王造反的时候，南京户部主事马思聪（字懋闻，号翠峰）正好来南昌公干，绝食六天而死，南昌士子将他的尸体安放在寺庙里，他的两个儿子马明奇、南都太常博士马明衡分别从莆田和南京赶来收尸，准备扶柩回莆田，八月十六日到达南昌，王阳明为之作文祭奠。
