1989年年末，任天堂宣布下一代主机的开发由自己和索尼共同完成，这一新闻着实让日本国内的大小媒体很感兴趣。也让玩家们无比期待。开发期间，久多良木健更是一周一次的去往任天堂总部研讨开发事宜，在此期间与任天堂公司内的一些软件开发人员建立了良好的私人关系。任天堂情报开发部甚至已经试做了3款SFC用CD主机的游戏，一切仿佛都在顺利地进行着。

1990年1月1日，任天堂与索尼公司正式签订合作契约。索尼社长大贺典雄和任天堂社长山内溥都出席了签约仪式。在发表会中，索尼特意演示了一段侏罗纪时代恐龙生态的DEMO影像。高素质的CG表现效果，令业内人士和到场记者赞叹不已。在这次联合发布会上，索尼所展示出的强大技术力令深谋远虑的山内溥非常震惊。山内溥担心在之后的合作中任天堂会完全失去主动权。1991年初，大律师出身的美国任天堂总裁霍华德•林肯在仔细研究索尼与任天堂两社合约的相关条文之后指出，这份合同中有许多模棱两可的地方。并且可以让索尼轻易取得任天堂在家用游戏机方面的经验，进而自己独立进军游戏产业。这与山内溥的担心不谋而合。害怕拥有出色硬件技术的索尼将来会成为自己的劲敌，任天堂这时开始起了异心。飞利浦的适时出场，也让事件发生了戏剧性的变化。
1991年6月1日，索尼在芝加哥举办的CES电子消费展中，正式发表了SFC扩充CD-ROM机“playstation”。与此同时，任天堂又与飞利浦举行了记者招待会，宣布了两家将共同开发SFC用的另一款CD-ROM主机CD-I。此举顿时在在业界引起轩然大波，索尼被突如其来的变故搞得阵脚大乱。索尼立即向任天堂发面求证，而任天堂则表示两者为同一延长线上的产品，并没有违反合约。直到这时候，索尼才发现自己被任天堂背叛了。

任天堂的这一行为，使得久多良木健从天堂掉到地狱。索尼也曾考虑停止供应SFC的声音处理芯片作为报复，但这个行为会让赔偿巨额违约金。当时的索尼根本承担不起这笔损失。所以只能任由任天堂背叛，索尼内部也将这个错误归咎于久多良木健。此时的久多良木健也因此遭到相当程度的内心谴责，大多人就都认为他会从此一蹶不振。令人没有想到的是，久多良木健非但没有引咎辞职，却还在一次会议中，直接向索尼当时的社长大贺典雄大胆谏言。他认为索尼应该直接进入TV游戏市场与任天堂竞争。在久多良木健的再三说服下，索尼集团最终决定自主研发家用游戏主机。

虽然任天堂和索尼的恩怨纠葛就此展开，SFC的扩充计划也举起不定。但这切都无法阻止任天堂新一代主机SFC的热卖。这台拥有两颗图形协处理器的16位家用游戏机，凭借任天堂豪华的游戏阵容，以及强大的图像音乐表现力，迅速在日本继承了FC的市场。
首发游戏《超级马里奥世界》再次起到了重要作用，其销售数量几乎和SFC主机数量相当。也就是说日本的每个SFC用户都几乎都买了这款游戏。全球各大媒体争相报道了SFC的发售盛况，所有的一切只能用气势如虹来形容。次年,SFC在美国发售。由于世嘉的MD在美国已经建立的足够庞大的群众基础，使得SFC在北美一度陷入苦战。任天堂针对新一代玩家的口味，对产品进行了非常成功的重新包装。以“归来的马里奥”为宣传口号的广告铺天盖地，神话终于再度重演。《超级马里奥世界》使得SFC主机在北美地区的销量迅速赶上了先行发售两年多的世嘉MD并且一路高歌猛进。这部作品的海外累积销售超过1500万份。

在此之后，《最终幻想4》的发售成功的促进了SFC的普及。同时也奠定了最终幻想系列的几大核心要素。借助SFC丰富多彩的画面和收缩旋转的功能。《最终幻想4》大放异彩，也使得史克威尔（SQUARE）公司的实力和形象得到了大幅提升，更促使其成为日本顶级游戏制作厂商。之后史克威尔相继推出了《最终幻想5》和《最终幻想6》让该系列走向巅峰。融合了各代优点的《最终幻想6》，世界观宏大，故事情节感人至深，华丽的游戏界面，流畅的操控。这一切让《最终幻想6》成为了玩家心中最经典的一作，直到今天仍然有无数玩家追捧。

在SFC周年纪念日发售的《塞尔达传说：众神三角力》更是受到了全球游戏媒体的广泛好评，也成功地使得SFC在1991的圣诞圣诞商战占尽风头。1992年的《超级马里奥赛车》也获得了空前的反响，远远超出了任天堂当时的预期。在《超级马里奥赛车》中，马里奥系列的各类人物齐齐登场，并且开着卡丁车满世界转悠，还可以用各种道具扰乱对手或者给自己加速。这款游戏的趣味性非常好，之后流行的网络游戏《跑跑卡丁车》《QQ飞车》都是模仿这个游戏的设计。不仅如此，SFC上的超级大作层出不穷，《勇者斗恶龙》系列，《皇家骑士团》系列，《火焰纹章》系列《洛克人X》系列，《大金刚》系列，《超时空之轮》等强大的游戏阵容连番轰炸，使得任天堂轻松取得了日本地区的胜利。

在此期间，著名的街机游戏开发商SNK也在1991年推出了家用游戏主机NEOGEO,但是缺乏第三方支持和昂贵的价格，让这台游戏机未能对SFC产生什么影响。后期世嘉针对欧美玩家在。MD上推出了大受欢迎的体育游戏和爽快的动作游戏，在北美地区与SFC形成双雄的局面。跟FC时代的一家独大不同，强大竞争对手的不断涌入也让任天堂四面受敌。除了世嘉和NEC外，家电业巨头松下，索尼等也纷纷公布了新一代游戏机。
任天堂与索尼的合作，在及其蹩脚的关系中与1992年5月正式破裂。索尼集团于1993年5月公布了独立开发下一代游戏主机“playstation”的计划，并在同年正式成立SCE（sony computer entertainment）索尼电脑娱乐公司，由久多良木健担任社长。久多良木健从一开始就知道，PS想要成功必须依赖第三方游戏厂商。因此久多良木健与其他SCE高层，不断拜访日本第三方游戏厂商，各公司对需要投入更多研发经费的3D游戏都表示不感兴趣，认为2D游戏仍然会是市场的主流。还有一些第三方游戏厂商，并不信任刚刚进入游戏产业的SCE，提出PS销量至少要达到300万台，才会为PS开发游戏。就在几乎没有厂商愿意支持这台强调3D能力的游戏主机时，游戏业界投下了一枚重磅炸弹。，让事情有了180°的大转变。那就是世嘉在街机上推出了世界上首款格斗游戏《VR快打》。这款3D游戏让各大游戏厂商大惊失色。卡普空在看到《VR快打》的惊人表现后，立即表示将全力支持索尼的PS。人算不如天算，当时谁也没有想到，久多良木健所极力推崇的3D技术，却因为另外一个竞争对手才能得以推广。

1993年10月，松下公司推出了其32位家用游戏机3DO，这台拉开次世代帷幕的主机率先在美国上市。这台主机的售价高达699美元，是SFC和MD价格的四倍，虽然3DO的性能在当时冠绝群雄，但是与大部分失败的游戏机一样，高昂的费用和缺乏第三方厂商的大力支持，让这台代表新时代开端的主机迅速退出了历史舞台。

任天堂似乎依旧稳坐头把交椅，同时发表了下一代家用游戏主机N64和后续掌机VB的计划。山内溥在1994年年中的业绩说明会上，更是充满自信的贬低对手，声称如果某些家电厂商推出了的CD-ROM的32位主机销量能突破百万台，他将辞去社长职务并且头朝下走路。其矛头直指松下3DO和索尼的PS。1994年底松下和索尼两家的32位次世代游戏主机相继发售。华丽的画面和精彩的CG让电子游戏发生了翻天覆地的变化。世嘉的土星（Saturn）于1994年11月22日率先发售，在主机发售前一个月，首批的20万台就被全部预订。首发当日，15万台主机迅速告罄。购买土星的玩家多数是冲着《VR快打》来的。索尼的PS紧随其后，于1994年12月3日正式发售，这台几乎决定了整个SCE成败的主机，连索尼社长大贺典雄都给予高度关注。首发10万台的PS主机与南梦宫一同发售的《山脊赛车》被一抢而空，成功的开始让整个SCE欢欣鼓舞。

在第一轮的较量中，土星凭借世嘉在游戏领域的经验以及《VR快打》的鼎力护航，销量上稍微领先索尼PS。不过这点微弱的优势根本难不倒久多良木健，他在PS发售前就已经将土星拆机分析，技术出身的久多良木健轻易看出了土星内部复杂的结构和高昂的成本，于是他抓住了土星的软肋，两年内四次降价。这让成本相对较高的土星难以应付。1995年5月7日，索尼与世嘉同时宣布，PS和土星销量超过100万台。两大32位主机的竞争进入了白热化的阶段，这让山内溥颜面扫地。恼羞成怒的山内溥因此决定，将正在研发中的VB推向市场。VB的项目负责人横井军平向山内溥再三强调了VB当前的状况还不适合投入市场，但这并没有改变山内溥的决定。山内溥提出的理由是要用VB狠狠的打击世嘉土星以及索尼的PS，以及赶上学生放假的暑期档。

VB是由一个头罩式眼镜和一个手柄组成，最大的特点是玩家可以通过头罩式眼镜看到立体的游戏画面，这种立体成像所表现出来的视觉效果在当时看来十分震撼。但是当时的技术还没有完全成熟，眼罩内只能看到单一的红色。更麻烦的是，这种头罩式液晶眼镜在玩家头部晃动的时候，会造成图像错位而且很严重。为了完成山内溥的要求，横井军平不得不在VB的头罩式液晶眼睛下加了一个三角支架，这样图像就不会紊乱错位了，当然玩家也不能把头罩带着到处跑了。

1995年7月15日，任天堂的VB正式发售。任天堂的铁粉这次也有些犹豫了，两周的时间里只销售了14万台。VB的滞销让零售店难以承受，最后不得不以三折的价格抛售。屋漏偏逢连夜雨，这时候有一名权威眼科专家还指出VB会对视力造成严重损害，这在当时引起了很大反响。最终VB毫无悬念的失败了，而VB项目的负责人横井军平也无奈辞职。
这让当时的日本游戏界非常震惊。也让任天堂的股票大跌10%导致停牌。VB的失败对任天堂的家用机市场影响很大。而山内溥这种非理性的市场策略给任天堂带来了一个又一个麻烦。

任天堂也从此迎来了它在家用游戏机市场的十年黑暗。