司马道子忌恨王恭、殷仲堪靠武力对他形成的威逼，将谯王司马尚之和他的弟弟司马休之当做自己的心腹。司马尚之说：“现在的局面是，在外方镇守的封疆大吏势力强盛，在朝中的宰相，权力反倒很微弱，您应该在外地的要职上安排心腹之人，以便为自己设置屏障和护卫势力。”

司马道子听从了他建议，任命王愉为江州刺史，都督江州及豫州的四郡军事，以此作为自己的援手，他们从早到晚地谋划商量，等待机会。

桓温之子桓玄请求担任广州刺史，司马道子非常忌惮桓玄，本来就不想他长期居住在荆州，便答应了他的请求，桓玄接受了这个任命却又不去就任。

豫州刺史庾楷（庾亮之孙）因为司马道子将他所统辖的四个郡转交给王愉管辖，便上疏说：“江州地处内地并非险要之地，而西府历阳却与北方贼寇相连接，不应该让王愉分管四郡。”朝廷不批准他的建议。

庾楷大怒，心生怨恨，派儿子庾鸿去游说王恭道：“谯王司马尚之兄弟又独揽了朝廷的机要权柄，势力已经超过了王国宝，他们打算借助朝廷的威权来削弱地方上的实力，回想以前所发生的事，他们将要制造的祸乱，实在无法预测，我们趁着他们的阴谋还没有完成之前，应该尽早地想办法对付他们。”

王恭深以为然，并把这意见转告给了殷仲堪和桓玄。他们二人都同意王恭的意见，并且推举王恭作为盟主，约定了日期，一起率领大军前往京师剿除奸佞。

这时，朝廷内外疑虑纷纷，交通阻塞，水陆关卡林立，形势既危急又严峻。殷仲堪用绢给王恭写了一封书信，藏在箭杆之中，然后装上箭头，涂上油漆，拜托庾楷转交给王恭。

王恭打开书信后，因为绢的角上抽丝，不能确切地辨认出是否真的是殷仲堪的亲笔手书，怀疑此信是庾楷伪造的，况且联想到去年联合讨伐王国宝之时，殷仲堪虽然答应共同举兵，却一直按兵不发，这次很有可能会同去年一样，因此决定自己先行向都城大举进兵。

刘牢之劝谏他说：“将军您是皇帝的舅父，会稽王司马道子是皇帝的叔父，他现在又当朝，执掌着国家的大政，他过去已经因为您而杀了他非常宠信的王国宝和王绪，后来又把王廞写给他的指控您的书信也送给了您，畏惧您的现象已经很多了。他最近所做的人事任命，虽然不能说是公允恰当，但也不是什么太大的过失，把庾楷所辖的四个郡让王愉统领，对于将军您又有什么损害呢？晋阳的兵甲战事，怎么可以一次又一次地不断发动呢？”

王恭拒不听从，向朝廷呈上奏疏，请求发兵讨伐王愉和司马尚之兄弟。

会稽王司马道子派人去向庾楷游说道：“过去我和你，恩情如同骨肉兄弟，曾经在帷帐中尽情畅饮，可以说是再亲近也没有了。你今天抛弃了过去的好朋友，结交了新的援手，难道你忘记过去王恭欺凌、羞辱你的耻辱了吗？如果你打算委屈自己甘愿做他的臣属，那么等到王恭达到目的的时候，他一定会认为你是一个反复无常的小人，怎么会亲近、相信你！到那时，你恐怕性命都还不容易保全，更何况富贵呢！”

庾楷勃然大怒，说：“王恭过去到京师参加先帝的葬礼，相王忧愁恐惧，无计可施，我知道事情的紧急，才带了兵马前来护卫，使得王恭不敢当场发作。去年的事情，我也是随时等候命令行动，我侍奉相王，没有一点对不起他的地方。相王自己无法抵挡王恭，反而杀了王国宝与王绪，从那时候起，谁还敢再去为相王尽心尽力地卖命呢！我庾楷实在是不能把全家交给别人来屠杀消灭啊！”

庾楷的回信送到司马道子后，朝廷上下人心惶惶，京城内外戒严。世子司马元显对父亲司马道子说：“上次正是我们没有讨伐王恭，因此才有了今天这场灾难，今天如果还像上次那样满足他们的要求，您太宰的杀身之祸可就要到身上了。”

司马道子已经慌得不知所措，干脆把事情全部交给司马元显办理，自己每天只是痛饮美酒而已。司马元显聪明机灵，处事果断敏锐，依附于他的人，都纷纷称赞司马元显英明神武，颇有明帝当年的风采。

殷仲堪听说王恭已经向京师大举进兵，自己因为去年拖延了出兵的日期，心中一直惭愧，今年行动就特别迅速，马上集结了部队，尽快出发。

殷仲堪素来对行军打仗很不熟悉，把军事指挥权完全委托给了南郡的杨佺期兄弟，派遣杨佺期统率五千水军做前锋，桓玄率部紧随其后，自己则率兵二万，跟随他们顺流东下。

杨佺期自认为出自北方高门弘农杨氏，他的祖先从东汉太尉杨震一直到他的父亲杨亮，九代都以才能仁德而著名，杨佺期始终以自己的门第为骄傲，认为这是东晋所有的世家都赶不上的。有人拿他跟东晋尚书左仆射王珣（王导之孙）比，他还异常愤怒。但是因为他们家族曾经效命北方的外族政权，逃亡到江南的时间较晚，所以婚姻和仕途都不得意。

（杨佺期的祖父杨林，曾在前赵、后赵任职，后来才到江南，没有挤进东晋的权力中心，杨佺期父子又都娶平民家女子，被认为是“婚宦失类”。）

杨佺期和他的哥哥杨广、弟弟杨思平、堂弟杨孜敬等人性格都粗狂豪迈，又经常受到别人的排挤压抑，杨佺期因此常常恨得咬牙切齿、慷慨激昂，正打算找一个机会痛快施展、实现自己的抱负，因此他也非常赞成殷仲堪的计划。

杨佺期、桓玄的军队突然来到湓口，王愉根本没有防备，惊慌失措之下，匆匆逃往临川，桓玄派小股部队去追赶他，并把他生擒回来。

东晋朝廷任命司马元显为征讨都督，又派遣卫将军王珣、右将军谢琰带兵讨伐王恭，谯王司马尚之讨伐庾楷。

司马尚之在牛渚将庾楷打得大败，庾楷单人匹马投奔桓玄。司马道子任命司马尚之为豫州刺史，弟弟司马恢之为襄城太守，各自拥有部队，来作为自己的援手。

桓玄在白石将朝廷的军队打得大败，随后与杨佺期将部队开到了横江，司马尚之退兵逃走，司马恢之统领的水军全军覆没。

消息传到京城，司马元显亲自驻守石头城，王珣防守北郊，谢琰则在宣阳门屯下重兵以防意外，京师全城戒严。