分税制改革之后，中央和省分成，省也要和市县分成。可因为上级权威高于下级，所以越往基层分到的钱往往越少，但分到的任务却越来越多，出现了“财权层层上收，事权层层下压”的局面。改革后没几年，基层财政就出现了严重的困难。20世纪90年代末有句顺口溜流行很广：“中央财政蒸蒸日上，省级财政稳稳当当，市级财政摇摇晃晃，县级财政哭爹叫娘，乡级财政精精光光。”

从全国平均来看，地方财政预算收入（本级收入加上级转移支付）普遍仅够给财政供养人员发工资，但地区间差异很大。在东部沿海，随着工业化和城市化的大发展，可以从“土地财政”中获取大量额外收入，一手靠预算财政“吃饭”，一手靠土地财政“办事”。但在很多中西部县乡，土地并不值钱，财政收入可能连发工资都不够，和用于办事的钱相互挤占，连“吃饭财政”都不算，要算“讨饭财政”。基层政府一旦没钱，就会想办法增收，以保持正常运转。20世纪90年代末到21世纪初，农村基层各种乱收费层出不穷，农民的日子不好过，干群关系紧张，群体性事件频发。基层政府各种工程欠款（会转化为包工头拖欠农民工工资，引发讨薪事件）、拖欠工资、打白条等，层出不穷。2000年初，湖北监利县棋盘乡党委书记李昌平给时任国务院总理朱镕基写信，信中的一句话轰动全国：“农民真苦，农村真穷，农业真危险。”这个“三农问题”，就成了21世纪初政策和改革的焦点之一。

20世纪90年代的财政改革及其他根本性改革（如国企改革和住房改革），激化了一些社会矛盾，这是党的十六大提出“和谐社会”与“科学发展观”的时代背景。与“科学发展观”对应的“五个统筹”原则中，第一条就是“统筹城乡发展”。从2000年开始，农村税费改革拉开帷幕，制止基层政府乱摊派和乱收费，陆续取消了“三提五统”和“两工”等。(25)2006年1月1日，农业税彻底废止。这是一件具有历史意义的大事，终结了农民缴纳了千年的“皇粮国税”。这些税费改革不仅提高了农民收入，也降低了农村的贫富差距。之所以能推行这些改革，得益于我国加入世界贸易组织（WTO）之后飞速发展的工商业，使得国家财政不再依赖于农业税费。2000年至2007年，农业部门产值占GDP的比重从15%下降到了10%，而全国税收总收入却增加了3.6倍（未扣除物价因素）。

农村税费改革降低了农民负担，但也让本就捉襟见肘的基层财政维持起来更加艰难，所以之后的改革就加大了上级的统筹和转移支付力度。

其一，是把农村基本公共服务开支纳入国家公共财政保障范围，由中央和地方政府共同负担。比如2006年开始实施的农村义务教育经费保障机制改革，截至2011年，中央财政一共安排了3300亿元农村义务教育改革资金，为约1.3亿名农村义务教育阶段的学生免除了学杂费和教科书费。再比如2003年开始的新型农村合作医疗制度（“新农合”）与2009年开始的新型农村社会养老保险制度（“新农保”）等，均有从中央到地方的各级财政资金参与。

其二，是在转移支付制度中加入激励机制，鼓励基层政府达成特定目标，并给予奖励。比如2005年开始实施的“三奖一补”，就对精简机构和人员的县乡政府给予奖励。冗员过多一直是政府顽疾，分税制改革后建立的转移支付体系中，相当一部分转移支付是为了维持基层政府正常运转和保障人员工资。财政供养人员（即有编制的人员）越多，得到的转移支付越多，这自然会刺激地方政府扩编。从1994年到2005年，地方政府的财政供养人员（在职加退休）猛增了60%，从2981万人增加到4778万人。2005年实行“三奖一补”之后，2006年财政供养人口下降了318万。之后又开始缓慢上升，2008年达到4631万。2009年后，财政供养人员的数据不再公布。

其三，是把基层财政资源向上一级政府统筹，比如2003年开始试点的“乡财县管”改革。农村税费改革后，乡镇一级的财政收入规模和支出范围大大缩减，乡镇冗员问题、管理问题、债务问题就变得突出。通过预算共编、票据统管、县乡联网等手段，把乡镇财政支出的决定权上收到县，有利于规范乡镇行为，也有利于在县域范围内实现乡镇之间公共服务的均等化。根据财政部网站，截至2012年底，86%的乡镇都已经实施了“乡财县管”。

让县政府去统筹乡镇财务，那县一级的财政紧张状况又该怎么办呢？在市管县的行政体制下，县的收入要和市里分账，可市财政支出和招商引资却一直偏向市区，“市压县，市刮县，市吃县”现象严重，城乡差距不断拉大。而且很多城市本身经济发展水平也不高，难以对下辖县产生拉动作用，所以在21世纪初，全国开始推行“扩权强县”和“财政省直管县”改革。前者给县里下放一些和市里等同的权限，比如土地审批、证照发放等；后者则让县财政和省财政直接发生关系，绕开市财政，在财政收支权力上做到县市平级。这些改革增加了县一级的财政资源，缩小了城乡差距。

“乡财县管”和“省直管县”改革，实质上把我国五级的行政管理体制（中央—省—市—区县—乡镇）在财政管理体制上“拉平”了，变成了三级体制（中央—省—市县）。县里的财政实力固然是强了，但是否有利于长远经济发展，则不一定。“省直管县”这种做法源于浙江，20世纪90年代就在全省施行，效果很好。但浙江情况特殊，县域经济非常强劲，很多县乃至乡镇都有特色产业集群。2019年，浙江省53个县（含县级市）里，18个是全国百强县。但在其他一些省份，“省直管县”改革至少遭遇了两个困难。首先是省里管不过来。改革前，一个省平均管12个市，改革后平均管52个市县。钱和权给了县，但监管跟不上，县域出现了种种乱象，比如和土地有关的腐败盛行。其次，县市关系变动不一定有利于县的长远发展。以前县归市管，虽受一层“盘剥”，但跟市区通常还是合作大于竞争。但改革以后，很多情况下竞争就大于合作了，导致县域经济“孤岛化”比较严重。尤其在经济欠发达地区，市的实力本就不强，现在进一步分裂成区和县，更难以产生规模和集聚效应。经济弱市的“小马”本就拉不动下辖县的“大车”，但改革并没有把“小马”变成“大马”，反倒把“大车”劈成了一辆辆“小车”，结果是小城镇遍地开花，经济活动和人口不但没有向区域经济中心的市区集聚，反而越搞越散。从现有研究来看，省直管县之后，虽然县里有了更多资源，但人均GDP增速反而放缓了。

总体来看，分税制改革后，基层财政出现了不少困难，引发了一系列后续改革，最终涉及了财税体制的层级问题。到底要不要搞扁平化，学发达国家搞三级财政？是不是每个省都应该搞？对于相关改革效果和未来方向，目前仍有争议。