DAY3-Linux环境安装软件

应用商店

cd ~/biosoft  #登陆服务器,进入biosoft目录
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  #可以用uname -a确定自己服务器位数
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  #安装
  #让enter就enter,让yes就yes
  #出现“thank you for installing Miniconda3!”就算成功
source ~/.bashrc #激活,出现满屏的信息说明成功了

增加网速

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

下载应用

conda list #类似ls,查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda install fastqc -y #默认都是yes,省去很多麻烦
fastqc --help #出现帮助文档说明成功
conda remove fastqc -y #卸载

分身

不同的生信实战项目,需要定制conda的分身。
在B站马叔视频有很多。

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