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2022-01-20 文献-Nature阿尔兹海默症神经组织比较复杂，通常用单细胞核测序单细胞核测序的特征：1、每个样本细胞量基本<40002、每个细胞里的基因基本<1000甚至<500 单细胞结...
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2022-01-21 百分位数进行细胞过滤样本量比较大的时候推荐使用百分位数进行细胞过滤 可视化 可视化后，可以看这个标准过大概过滤掉了多少细胞 创建过滤后的子集
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2022-01-21 细胞注释思路注释用的参考数据库 细胞类型鉴定 思路 代码在cell_marker_annotation.R 1、查看所有marker基因 0亚群很多是T细胞...
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2022-01-21 课题设计和思路分享课题设计 思路1：单细胞数据作为起点，找出特征，去bulk数据库验证 思路2：bulk为起点，单细胞为终点 思路1和2对比 挖掘思路1 第一种思...
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2022-01-20 文献-Cell-三阴性乳腺癌化疗耐药进化16年开始做，17年投稿，18年发表，在当时单细胞技术比较新 可视化研究思路很重要！ 一、WES结果 第一个角度：突变有无 化疗获益的患者外显子...
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2022-01-20 拟时序分析-monocle2包安装 创建文件夹存储结果 用CCA后的数据进行拟时序分析 结果展示
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2022-01-17 CCA校正批次效应
批次效应强时，用CCA进行校正 先用PCA图查看不整合前的批次效应原理在每个批次中找到相同的一组表达差异低的基因，用这组基因在每个亚群中的差异代...
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2022-01-17 cellmarker注释
细胞类型自动化注释 以下代码在sub_analysis_scRNA.R中计算特定两组细胞之间的差异基因，决定要不要把两个亚群合并 修改具体类别名字
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2022-01-17 多个样本单细胞分析流程读数据 合并数据，创建seurat对象 合并样本的数据可以使用cbind（） 基因数相同时或者用merge（） ...