RNA-seq :用conda安装RNA-seq所需要的工具
（主要摘自Y大宽的文章https://cloud.tencent.com/developer/article/1332363）
一 安装miniconda
复制地址
mkdir src
cd src
~/src$ wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
~/src$ bash Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
配置conda环境
先启动conda环境
source ~/miniconda3/bin/activate
conda search bwa
结果搜索不到，需要添加channels
添加频道
复制以下命令
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
回到linux粘贴
另外再添加第三方频道
下面这个一定添加
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
接下来安装bioconda频道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
用vim进行查看
vim ~/.condarc
二 管理环境变量 安装python2环境
启动minicon3环境
source ~/miniconda3/bin/activate
#查看conda环境#
conda info --envs
可以看到只有miniconda3，但是有些软件比如macs2是在python2环境
conda重新建立一个python2环境
conda create -n python2 python=2
这样可以安装python2环境，会装上新的依赖包，创建新python2环境。安装完成后，会提示如何启动python2环境
conda activate python2
三 用conda安装转录组分析软件
-hisat2 samtools sratoolkit
-htseq-count
-fastqc trimmomatics
生信技能树RNA-seq基础传送门需要的软件，具体移步http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html
python3环境（base）
conda install fastqc trimmomatic（conda可以同时指定两个软件安装）
biocondahttps://bioconda.github.io/recipes.html#recipes搜索htseq-count软件
注意要在python2环境下安装htseq，先启动python2环境
source activate python2
conda install htseq(/一定注意不能再当前环境python3安装，要启动python2环境！我不小心按了y，在python3安装完成了，然后用conda install htseq卸载）
conda install htseq -y
启动htseq-count
htseq-count
继续搜索hisat2
回到python3环境安装（base）
source deactivate
conda install hisat2
conda install hisat2 sra-tools -y #注意原视频这里有点小错误，应该是sra-tools，不是sratoolskit
