原创：黄小仙
又是一年春来到，小仙祝大家在新的一年开开心心、顺顺利利！
今天给大家分享的图是哑铃图(Dumbbell plot)。
Step1. 绘图数据的准备
首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。
作图数据格式如下：
Step2. 绘图数据的读取
data <- read.csv(“your file path”, header = T, check.names=F)
#注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用header=F
#注释：R读取数据的时候，默认会把列名里的空格变成 "."，check.names=F就不会变了
Step3. 绘图所需package的安装、调用
library(ggplot2)
library(reshape2)
# 注释：package使用之前需要调用
Step4. 绘图
data_melt <- melt(data,id.vars = "Gene")
# 注释：将原始的宽数据变成长数据，方便画图
p <- ggplot(data_melt,aes(x = value, y = Gene)) +
geom_line(aes(group = Gene)) +
geom_point(aes(fill = variable), size = 3)
p
注意改变点颜色的语句fill = variable没有发挥作用，为什么呢？
还是跟geom_point()中的shape有关系，默认是16号实心原点，只有color参数
p <- ggplot(data_melt,aes(x= value, y= Gene)) +
geom_line(aes(group = Gene)) +
geom_point(aes(color = variable), size = 3)
p
改变size的大小
p <- ggplot(data_melt,aes(x= value, y= Gene)) +
geom_line(aes(group = Gene)) +
geom_point(aes(color = variable, size = value))
p
调整顺序
order <- c("Gene1","Gene2","Gene3","Gene4","Gene5","Gene6","Gene7","Gene8","Gene9","Gene10")
p <- ggplot(data_melt,aes(x= value, y= Gene)) +
geom_line(aes(group = Gene)) +
geom_point(aes(fill=variable), shape = 21, size = 3) +
scale_y_discrete(limits = order)
p
Gene1放在y轴最上面
order <- rev(order)
p <- ggplot(data_melt,aes(x= value, y= Gene)) +
geom_line(aes(group = Gene)) +
geom_point(aes(fill=variable), shape = 21, size = 3) +
scale_y_discrete(limits = order)
p
今天的分享就到这里啦。
（公众号：生信了）
