cytoscape 3.6.1 简单操作笔记

构建网络

  • 导入数据构建网络

1、 File->Import->Network-->File;或者直接点击快捷选项.


2、选择你要建立连接的两列,Source列为自身id,target列为当前id所在的簇

3、设置好之后点击 OK


  • 导入Lable文件(也就是后面提到的Column选择的对象)

1、导入节点属性File->Import-> Table 选择需要导入的属性文件(如选择每个节点对应的簇)点击 import,或者直接点击快捷选项.



2、默认设置,点击OK


  • 设置网络风格

    Control Panel -> Style


1、Style —>Network—>对整个网络风格进行设置

设置背景颜色


整体网络风格
点击 default可以选择合适的风格,一般我会用 BioPAX


2、如设置Node的颜色
Style —>Node(一般默认)—>Fill Color


备注:Column:选择要涂上颜色的对象可以是单个、几个或者一簇,多簇;Mapping Type: 主要有三种类型,Continuous、Discrete 和 Passthrough ,
如选择Continuous类型(因为这里只有两簇,所以min=1,max=2)

3、如设置Node的形状
Style —>Node(一般默认)—>Shape


4、Style —>Edge—>对边的风格进行设置(一般不需要)

注意:如果需要对整体网络风格进行设置的话,建议先进行整体网络风格的设置,因为设置完这个网络风格之后,之前选择的对Node/Edge的设置都会消失,这样的话会很忧伤。

5、Style —>自由发挥设置你喜欢的网络风格。

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