Day5 进一步了解R.png
R基础--bioplanet指南小抄奉上
（1）R的赋值符号不是等号，而是<-
（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行
（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。
（4）显示工作路径 getwd()
设置工作路径 setwd("C:\army-Mac\Day5 practice")
（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
（6）表格在R语言中改名叫数据框_
（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。
Part1：向量
标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素组成的变量
R标量&向量.png
- 赋值
getwd()
setwd("C:/army-Mac/Day5 practice") #括号内的英文引号不能少
x<-c(1,2,3) #常用的向量定义写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
#从1-10之间所有的整数
x<-seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意这里是逗号不是分号）
x<-rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
x<-rep(1:3,each=2) #数字1,2,3,各重复2次
进一步了解R-赋值.png
- 从向量中提取元素
- 根据位置来提取
#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了……
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
进一步了解R-提取元素.png
- 根据元素大小来提取
x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素
进一步了解R-根据元素大小提取.png
Part2：数据框
- 读取本地数据
read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T) #读取文件，分隔符为Tab，有表头
a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)#把这个数据框赋给一个变量a
- 设置行名和列名
X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名
进一步了解R-读取本地数据.png
- 数据框的导出
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）
- 变量的保存与重新加载
#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
frame1<- a #将数据a赋值给frame1
save(frame1,file="frame1.RData")#保存其中一个变量
load("frame1.RData")#再次使用RData时的加载命令
- 提取元素
- 按位置提取
frame1[3,1]#第3行第1列的元素
frame1[2,]#第2行
frame1[,2]#第3列（横着写，这是不够懒也不够优秀却能存在的写法）
frame1[1] #第1列（竖着写，这是懒惰又优秀的写法）
frame1[1:2]#第1列到第2列
frame1[,c(1,2)]#第1列和第2列
进一步了解R-提取元素2.png
- 按列名提取
#X$列名,也可以提取列，（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）
frame1$X1
Part3：选修
- 提取某两列作散点图
#提取某两列作散点图：
c <-data.frame(case=paste("S",c(1:20),sep="-"),values=runif(20)) #runif生成20个服从正态分布的随机数
plot(c$case,c$values)
进一步了解R-生成随机数.png
- bioplanet指南懒惰写法还没搞懂，暂不上图。
