内切酶和外切酶
核酸内切酶是一类能从DNA分子中间水解磷酸二酯键，从而切断双链DNA的核酸水解酶。核酸外切酶是一类能从多核苷酸链的一段开始按序催化水解3,5-磷酸二酯键，降解核苷酸的酶。切点要求不同核酸内切酶的切点大多很严格，要求专一的核苷酸顺序，即识别序列。而核酸外切酶的切点要求比较低。
内切酶——限制性内切酶
同一DNA用不同的限制酶进行切割，从而获得各种限制酶的切割位点，由此建立的位点图谱有助于我们对DNA结构进行分析。是病原变异、毒株鉴别、分型及了解基因结构和进行流行病学研究的有效方法。
外切酶Exonuclease
外切酶可以区别出分子链的3‘或5‘开始剪切，对单链DNA或双链DNA具有特异作用的酶。可利用这些酶水解方式的差异来分析核酸结构。
例如：核酸外切酶I应用：
从PCR混合物中去除引物
从核酸混合物中去除含有3；羟基末端的单链DNA.
检测含有3‘羟基末端的单链DNA的存在
