为了能够巩固幕府的统治，德川幕府还专门设立了一系列的官职来确保自己可以直接统领军队。其中旗本和御家人旗下的徒士族和铁炮百人足是典型代表。在这些大臣和机构之下，德川幕府可直接统帅的大军达到了12万人。由此可见，幕府的统治势力是由强大的军事实力作为支撑。这也正是德川幕府汲取了前代日本南北朝和混乱战国历史的经验。
在德川幕府的统治期间，日本阶层分化十分明显，社会成员被分为了士，农，工，商四个部分。士族为最高等级，商人身份低微。同时，在这四大阶层之内，又分为诸多等级。德川家康曾经说过:“统治农民最好的办法是既让他们饿不死，又让他们饱不了。”之所以这样说，是因为德川幕府同样是依靠强大的封建小农经济为支撑，幕府大部分的财政税收来源均来自于农民。幕府同时也在抑制商业的发展，但这也为日本以后阶级势力的激烈对峙埋下了隐患。在建立了德川幕府之后，社会逐渐趋于稳定。在战国时代雄起的日本武士已然失去了可以施展才能的大舞台，他们无法通过战役来获得地位和功利。日本武士的地位也在逐渐衰落。在整个德川幕府统治前期，幕府所制定颁布的众多法律法规，都是建立在强大的军事实力和小农经济的基础之上，而贯彻实施的。无论是对百姓的统治，还是对大名的管控，都使得德川幕府在早期呈现出了欣欣向荣的历史发展趋势，使得幕藩体制得以确立并且发展和完善。
在德川幕府成立之初，将军德川家康积极推动本国与外部世界的交流往来，贸易发展。但是好景不长，在明朝中期因受倭寇侵袭，大明皇帝，下令不与日本进行邦，中国进入了闭关锁国时代。与此同时，日本也进入了锁国时代。历史的命运总是那么的巧合，将两个国家联系在了一起，但有明显的区分开，这为日后两国近代化的不同，提供了源头。十七世纪二三十年代，为了反击基督教在日本势力的扩大，德川幕府禁止了与英国，西班牙等欧洲国家的贸易往来。并且下令禁止本国船只驶向海外，禁止海外日人回国，归国者不问理由一律处死。在1619年到1635年之间，有20多万日本教徒被处以刑罚。在反抗异教的同时，这也引起了矛盾的激化，1637年在长崎地区爆发了农民领导的大规模起义，史称岛原之乱。这是由农民信教徒所领导的企业为了评定此次的大动乱德川幕府动用了18个藩，近20万兵力，支付了高昂的军费，才得以镇压起义。
同时，德川幕府进一步加强了锁国政策。1639年发布了最后一道锁国令，除了与中国和荷兰进行贸易往来，与其他国家断绝了外贸活动。从主观角度来说，这有利于日本本国产业的发展，原本需要从很多国家进口的原材料，均可以通过本国力量得以自给自足;但是从客观角度来说，这抑制了日本向近代化的发展，日本固步自封，断送了自己，能够早先开启近代化的道路。这也为日本在近代前期遭受到西方的侵辱埋下了隐患。
在整个德川幕府的统治之下，农业耕地面积得到了显著扩大，较上个世纪增加了近70%。同时，水利设施建设成果显著，为农业发展提供了优良的水利条件，农业工具及生产方式的进步，进一步促进了小农经济的发展。到17世纪末期，商品流通也在日本开始盛行。各方之间的区域经济联系逐渐加强，向京都，大阪，江户等城市逐渐成为了，地区甚至是全国性的商业中心。在重农抑商的社会之中，随着商人资本的膨胀，盯人阶级(资产阶级）也逐渐强大，商品经济迎来了快速发展时期。
