丰臣氏覆灭，德川家完全掌握日本，德川家康实施了一系列措施，从政治到文化都对近代日本的发展造成了深远影响。
公元1616年3月21日德川家康获朝廷赠获太政大臣一职。6月1日，德川家康在骏府城病逝，法号安国院。关于其死因的说法之一是吃鲷鱼天妇罗中毒身亡，葬于久能山。翌年，追谥正一位，受“东照大权现”的神号，后改葬日光山。德川家康的去世，代表着一代英杰的陨落，日本一百多年的战乱彻底结束，一个崭新的时代也就此开始。
政治方面德川幕府没收和削减敌对性大名的领地，充实幕府的经济基础。德川家康没收了87个敌对性大名的领地，总收入量为414万石，减封了三个大名的领地，总收入量为207万石。这项措施使得幕府的力量大大提升，重要港口和矿山几乎都归为幕府直辖，德川幕府的势力范围远远超过此前幕府的规模，经历了战国时代的教训，加强了幕府统治力。
德川幕府还建立起了幕藩体制的封建统治制度。德川家康根据对幕府的向背，把全国的大名分成三类。第一类是他的儿子和德川氏的近支宗族，这一类叫做“亲藩”。第二类是忠于自己和自己祖先的功臣，这叫做“谱代大名”，“亲藩”和“谱代”是幕府政权的支柱。第三类是关原之战前与德川家康同为大名的人，或战时曾忠于丰臣秀吉战后降服的大名，属于这一类的叫做“外样大名”。德川家康把三种类型的大名混杂相间，使亲藩和谱代大名监视外样大名。相较于此前的幕府与大名关系做出了很大改善。
武士阶级作为统治阶级，德川幕府加强对武士的统治，树立了幕府的权威，于1615年颁布了《武家诸法度》。其要旨是奖励文武、诫逸乐奢华、守节俭、严阶级（即服饰、乘舆的等级规定）、不得蓄浪人、不得擅自修缮城池、不得私婚、不得结党，但最主要的是规定了大名的“参觐交代”。
参勤交代指将全国外样大名分为东西两半，半住江户，半住领地；每年4月为东西两半部大名的交代时期，大名的妻子须常住在江户，事实上作为人质，大名依地位带领侍从，构成“诸侯行列”，按期到江户参觐交代。由于“诸侯行列”人数众多，往返于江户和领地之间的耗费十分巨大。因此这一制度不仅可以使幕府实际上把江户交代的大名作为人质而加以控制，还可以大量消耗大名的财力，使之无力叛乱。与此同时，德川家康还进一步推行丰臣秀吉的兵农分离政策，完善了身份制度，把整个日本社会划分为身分世袭的士、农、工、商四个等级，每个等级内部又贯穿着纵的主从关系，类似于中国明清时期社会模式。总体来说就是政治上加强了中央集权，限制了地方势力。
经济和对外贸易上，德川家康不是个完全的锁国主义者。创立幕府后，他立即遣使朝鲜，并于1608年恢复了和朝鲜的邦交。与此同时，又积极谋求与明朝的间接贸易。他出于对军需物资和生丝贸易的需要，创立幕府后的初期，对发展与西欧各国的贸易也很积极。
公元1608年，他还聘用英国人三浦安针（改的日文名）为外交顾问、贸易事务官，并向他学习世界知识、天文和数学。他甚至默许基督教的传播，后来因感到危及日本传统的封建统治，又加以禁止。1612年，幕府在直辖地首先颁布禁教令，翌年便把这一法令推行到全国。1615年起，进而对朱印船贸易也严加限制。日本至此开始闭关锁国，直到公元1853年黑船事件佩里叩关，日本才再次打开国门。
德川幕府在日本维持了长达260多年的统治，保证了日本和平统一局面，还统一了北海道地区。这给日本封建经济的发展，提供了比庄园制时代略好一点的社会环境。但是，德川家康所改组和强化的日本封建制度，仍然是建立在自给自足的小农经济的基础上。严格的身分制度把每个人都死死地固定在一个狭窄的框子里，严重地阻碍了社会的进步。使得日本渐渐落后于时代，德川幕府后期沦为半殖民地半封建社会，最终被迫大政奉还。想必德川家康不会知道他的家族265年后会下台，他也不会知道自己的政策会落后于时代，但历史的长河中必会将他铭记德川家康！
