#需要用到的python包
import numpy as np
from prody import *
bc=np.loadtxt("bc.txt") #用文本文档格式储存一列想要展示的数据,这里是BC值
wt_aer=parsePDB("aer-wt-BC_as_bfactor.pdb") #读入PDB文件
wt_aer.setBetas(bc) #关键步骤,将想要展示的数据与PDB融合
writePDB('aer-wt-BC_as_bfactor.pdb', wt_aer) #输出PDB
将处理好的PDB导入PyMoL,设置spectrum为b-factor,如下图所示:
此时的蛋白质结构:
使用脚本调整一下颜色的范围(这些颜色名称在Color栏中都可以找到)
spectrum b, blue cyan yellow tv_orange orange tv_red red