Usage: hmmsearch [options] <hmmfile> <seqdb>
用法：hmmsearch 参数 hmm文件 序列数据库
Basic options:
-h : show brief help on version and usage
基本用法：
-h ：显示版本和用法的简要帮助信息
Options directing output:
输出定向选项
-o <f> : direct output to file <f>, not stdout
输出到文件中，而不是到标准输出
-A <f> : save multiple alignment of all hits to file <f>
将所有命中的多序列比对输出到文件
--tblout <f> : save parseable table of per-sequence hits to file <f>
保存每个序列的命中结果的解析表到文件中
--domtblout <f> : save parseable table of per-domain hits to file <f>
保存每个结构域的命中结果的解析表到文件中
--pfamtblout <f> : save table of hits and domains to file, in Pfam format <f>
保存命中和结构域的表格到文件，Pfam形式
--acc : prefer accessions over names in output
在输出文件中将登录号覆盖名字
--noali : don't output alignments, so output is smaller
不要输出比对，这样输出会变得更小
--notextw : unlimit ASCII text output line width
不限制ASCII文本输出行的宽度
--textw <n> : set max width of ASCII text output lines [120] (n>=120)
设置ASCII文本输出行的最大宽度
Options controlling reporting thresholds:
控制报告阈值的参数：
-E <x> : report sequences <= this E-value threshold in output [10.0] (x>0)
在结果中报告E值小于这个阈值的序列
-T <x> : report sequences >= this score threshold in output
在结果中报告得分大于这个阈值的序列
--domE <x> : report domains <= this E-value threshold in output [10.0] (x>0)
在结果中报告E值小于这个阈值的domain
--domT <x> : report domains >= this score cutoff in output
在结果中报告大于这个分数的domain
Options controlling inclusion (significance) thresholds:
控制包含（显著性）阈值的参数：
--incE <x> : consider sequences <= this E-value threshold as significant
将<=此e值阈值的序列视为有意义的
--incT <x> : consider sequences >= this score threshold as significant
将得分大于这个阈值的序列设为显著的
--incdomE <x> : consider domains <= this E-value threshold as significant
将大于等于这个E值阈值的domain认为是显著的
--incdomT <x> : consider domains >= this score threshold as significant
将domain得分大于这个阈值的认为是显著的
Options controlling model-specific thresholding:
控制模型特异性阈值的参数：
--cut_ga : use profile's GA gathering cutoffs to set all thresholding
使用文件的GA gathering cutoffs来设置所有的阈值
--cut_nc : use profile's NC noise cutoffs to set all thresholding
使用文件的NC noise cutoffs来设置所有阈值
--cut_tc : use profile's TC trusted cutoffs to set all thresholding
使用文件的TC trusted cutoffs来设置所有阈值
Options controlling acceleration heuristics:
控制加速启发式？搜索的参数：
--max : Turn all heuristic filters off (less speed, more power)
关闭所有的启发式过滤器
--F1 <x> : Stage 1 (MSV) threshold: promote hits w/ P <= F1 [0.02]
--F2 <x> : Stage 2 (Vit) threshold: promote hits w/ P <= F2 [1e-3]
--F3 <x> : Stage 3 (Fwd) threshold: promote hits w/ P <= F3 [1e-5]
--nobias : turn off composition bias filter
Other expert options:
其他的一些参数
--nonull2 : turn off biased composition score corrections
关闭偏向组成分数校正？？
-Z <x> : set # of comparisons done, for E-value calculation
--domZ <x> : set # of significant seqs, for domain E-value calculation
--seed <n> : set RNG seed to <n> (if 0: one-time arbitrary seed) [42]
--tformat <s> : assert target <seqfile> is in format <s>: no autodetection
--cpu <n> : number of parallel CPU workers to use for multithreads
用于多线程的并行CPU工作程序的数量
以上。
