在龙场龙岗书院，席书曾经向王阳明问到朱陆之辨。王阳明只是说出了自己的感悟“圣人之道，吾性自足”，让席书自己参悟。待回到京师，王阳明在大兴隆寺主讲的内容依然是“圣人之道，吾性自足”和“圣人之道，务求自得”。在这个时候，王阳明已经开始明目张胆地倒向陆九渊，在思想认识上引起了门人弟子的大争论。
王阳明的两位门人王舆庵和徐成之受到王阳明讲学的影响，对宋儒名人开始了批评和坚守。王舆庵赞成陆九渊的学说，徐成之赞成朱熹的学说，两人的争辩愈演愈烈，但谁都不能说服对方。这两位门人最后达成共识，请老师王阳明来评定。
在朱学占主导地位的明朝，王阳明断然不会直接说出朱陆之间的是非。他摆明事实地说，在明朝以朱学为正宗，以陆学为邪说，早已经是定论了，无论王舆庵和徐成之怎么争论，都无法改变这个事实。明眼人一看就知道王阳明是在跟学生打太极，不表明自己的意思，实则已经凸显出自己的偏倚。
门人徐成之对于王阳明的说法很是不满，认为王阳明表面上是不偏不倚，实则在帮助王舆庵。遇到刨根问底的学生，老师如果不理就会造成师生感情破裂，如果对其批评就会对学生造成伤害。王阳明虽然早已经明辨朱陆的是非，但没有在公开场合说出自己真实的想法。就算是在讲学的时候，也是兼容朱学和陆学。为了平息这场争论，王阳明亲自给徐成之写了一封信，说明其中的缘由。
王阳明既然说到朱陆的是非，必然对朱学和陆学都有了相当程度的研究。门人弟子们或支持陆学，或支持朱学，都有所偏重。作为讲学的老师，王阳明绝对不会对门人片面的论断进行致命的攻击，更不会特意偏袒一方，而是希望有理有据地让学生们明白其中的圣人之道。面对宋代大儒，更要有怀疑权威的精神和勇气。王阳明分别对王舆庵和徐成之的观点进行了全面分析，然后再提出自己的观点。
王舆庵力挺陆学，主要是认为陆九渊以尊德性为主。王阳明认为这样是非常片面的，延伸地提出陆九渊不仅仅主张尊德性，还极力劝导弟子们多读书。虽然陆九渊的言辞与别人相差很多，但表达的意思是一样的。诸如“居处恭，执事敬，与人忠”，“克己复礼”，“万物皆备于我，反身而诚，乐莫大焉”，“学问之道无他，求其放心而已”，“先立乎其大者，而小者不能夺”等言辞根本就是孔孟之论。
后人之所以批评陆九渊，主要是因为他的“易简觉悟”之说。然而“易简”之说出自《周易》的《系辞》，“觉悟”之说虽然出自佛教禅宗，但与儒学的精神有相通之处。禅宗对于儒学并没有坏处，只要洞察它们细微之处的异同即可。如果因为陆九渊的学说与禅宗类似，与正宗儒学不同就摒弃，这样的儒者未免就太迂腐了。陆学也是值得推崇的，并非是要全面否定。王舆庵虽然赞赏陆学，但其实并没有真正认识到陆学的可贵之处。
徐成之严守朱学，认为朱学专以论道问学为宗旨，其实也是片面的。诸如“居敬穷理”，“非存心无以致知”，“君子之心常存敬畏，虽不见闻，亦不敢忽，所以存天理之本然，而不使离于须臾之顷也”等言辞虽然不是很透彻，却也是在尊德性。其实后世很多人并没有了解朱熹的学问，都被朱学蒙蔽了双眼。
朱熹钟情于小学，就算是对韩文、《楚辞》、《阴符》、《参同》等也不放过，坚决要注解、训诂一遍。他考据成癖，有些玩物丧志，不以明断圣学的思想为要，而以解释辞章句读为主，未免有些舍本逐末。朱熹讲求先知后行，所以一生都在致知，而没有真正用实践来检验自己的成果。正如王阳明所言，“世之学者挂一漏万，求之愈烦，而失之愈远，至有弊力终身，苦其难而卒无所入，而遂议其支离。”
后人并不知道朱学存在这么多弊端，还将其奉为圣学，在起点上已经错了。徐成之不明白朱学的精深之处，片面地认识朱学。王阳明所宣扬的陆学是通明的，朱熹也曾与陆九渊进行多次切磋，只不过没有在圣人之道上延伸，而是汲汲于训诂，失去了原有的声色。陆九渊数百年蒙受不白之冤，应该在学术上提出来，为其平反。
但如此一来，王阳明的境遇喜忧参半。
首先，遭到了朱学捍卫者的反对。反对者中有不少王阳明早年的朋友，如汪俊、崔铣、储巏等。储巏曾盛赞王阳明是儒学正途、造诣精湛，让黄绾追随王阳明学习，如今却极力责备王阳明不尊师道；汪俊、崔铣曾经是王阳明最亲密的朋友，如今也反复致书论驳，直至断交。崔铣后来更斥责王阳明为“霸儒”。
王阳明之前之所以不直接说出自己对朱陆之辨的看法，主要也是考虑到学术上的非议。在京师讲学本来就是压力重重，如果得罪了当世有名的大儒，肯定不能继续下去。但经过长时间的讲学之后，王阳明得到了很多学术同仁的认可，还有众多门人弟子的拥戴。正所谓翅膀硬了，也想自己飞一下。可王阳明万万没有想到很多好友会那么激动，对自己进行体无完肤的批驳。
其次，被委婉地驱逐出京。王阳明虽然被升为南京太仆寺少卿，却是明升暗降，被逐出京城。在评定朱陆是非之后，他的好友湛若水被派遣出使安南，一下子就分散了王阳明的势力。之后方献夫和黄绾先后托病回乡休养，王阳明在京师中可谓是势单力孤。在这种情况下，王阳明依然没有放弃在京师的讲学。
在很多好友离开之后，徐爱因为在京师接受吏部的政绩验收，所以一直陪伴在王阳明身边。除了在京师的门人弟子，还有很多江南的学生赶到京师声援王阳明。只可惜朝廷的驱逐之意已定，王阳明不得不收拾行囊，到滁州上任。
最后，真正地走上心学的大道。王阳明之前碍于学术主流的影响，不想与朱学彻底翻脸。如今通过朱陆之辨，王阳明由内心宣扬陆九渊的心学，发展到自觉地践行。在舆论上，他依然受到很多人的攻击，但总算是正面应对很多辩驳者。为了支持自己的理论，王阳明开始更加深入地剖析陆学的精髓和朱学的弊端。
在滁州的时候，王阳明与学生展开了很多精彩的论道。很多学生又提到了陆学与禅宗相似的事情，王阳明虽然多次说明，却没有得到弟子们的理解。在论道的过程中，很多弟子流于空谈，而没有领悟圣人之言。等到了南京就任鸿胪寺卿后，王阳明除了重新阐述佛老与儒学的不同之外，主要讲授“存天理，去人欲，为省察克治实功”。
在南京任职期间，王阳明做了一件很重要的事情，那就是编定了《朱子晚年定论》。因为受到了朱学拥护者的猛烈攻击，王阳明为了继续推行自己的心学，不得不从朱子那里寻找自己学说的合理性。王阳明的学说从开始就被视为“立异好奇”，根本不是儒学的正宗。王阳明对自己的学说也有所怀疑，但经过深入研究和思考之后，反而更加坚信自己学说的合理性。
如果自己的学说与朱学相抵牾，那只有两种可能：一就是自己的学说错误了；二就是朱学错误了。王阳明经过推敲，断定自己学说的合理性，由此怀疑朱学的错误。朱熹是一代大儒，难道就可以不明晰圣人之道，难道就可以错误地宣扬圣人之学？王阳明带着这些疑问，对朱熹所有的书籍进行了分类研读，大有所获。朱熹晚年的思想与当世流传的朱学思想大相径庭，朱熹虽有这种顿悟、却没有来得及对自己的错误进行纠正就去世了。
在明朝流传的《四书集注》、《四书或问》之类的书籍是朱熹中年的作品，有很多未成熟的地方。当朱熹晚年顿悟、想要改正的时候，却已经没有机会了。而《朱子语类》是他与弟子的问答录，其中掺杂了很多门人自己的思想，与朱熹的思想大相径庭。由此推论，朱熹的确是宣扬孔孟之学的大师，其思想也对社会产生了空前的影响，只不过被后人曲解了而已。
王阳明搜集朱熹强调涵养的若干书信，编为一册，命名为《朱子晚年定论》。王阳明将《朱子晚年定论》拿给很多学术界的人看，没想到又惹来了很多非议，因为王阳明对《朱子晚年定论》的整理书写存在些许问题。
其一，王阳明所收录的朱熹书信并非都属于其晚年所作。罗钦顺就曾指出王阳明错误地将朱子不同时期的作品都归到了朱子晚年。王阳明承认自己为了论证朱熹晚年有悔悟的思想，不得已将很多资料汇集在一起，而没有对年代先后加以考证。《诗经》之《黍离》有言“知我者谓我心忧，不知我者谓我何求”，深深地表达了王阳明的无奈之举。
其二，王阳明臆断地说出朱子晚年的悔悟。朱熹一生都钟情于考据和训诂，对自己的学问搞得很专业。中年时期的很多著作，都是朱熹的顶峰之作，即使朱熹到了晚年也很难超越。如果朱熹在晚年顿悟到自己前面学问的错误，必定会有新的著作加以纠正，断然不会这样为自己留下遗憾。
朱熹并不像很多腐儒那样很在乎自己的名声和地位，不会因为自己前面错了就不承认。以圣人自居的人都不会容忍自己的错误，会宽大地承认自己的错误，然后在学术上更加精进。王阳明说朱熹发现了自己中年学术的错误，却没有机会改正，只是个人的凭空之说。从朱熹的著作中，根本就不能发现这种思想。如果仅仅从片言中得出结论，似乎又陷入了王阳明自己鄙视的臆断圣人只字片言的误区。
其三，王阳明为了宣扬心学，故意模糊与朱学的抵牾界限。在中国历史上，很多有名的思想家为了找证据论证自己的观点，不惜捏造很多子虚乌有的历史故事或者名人著作。就算是到了清末，康有为还写出了《孔子改制考》等文章来支持自己维新的思想。其实就是来了一个借尸还魂，以达到哄骗的效果。
明朝的教育思想完全是朱学的，并没有心学的市场。王阳明追寻孟子，继承陆九渊，而后扬弃形成了自己的心学思想。在宣扬心学的过程中，王阳明为了减少阻力，唯有论证心学为儒学正宗才行。如果在学术研究上没有合法性，就会像陆九渊一样被斥为邪说，被朱学始终压制。王阳明不惜总结朱学来为自己的心学思想铺路，可谓是用心良苦，但仍然得不到世人的理解。
王阳明对孟学、陆学、朱学、禅宗进行了研究，抽调其合理成分，组建了自己的心学体系。无论是对“格物致知”重新的解说，还是先后创立的“知行合一”理论、“致良知”理论、“心本体”理论、“王门四句教”等，都深深地糅合了先贤们的深思，可以说王阳明是心学的集大成者。
朱学的弊端在明朝中期已经凸显出来，这是无可争议的事实。虽然朱学在思想上还占据统治地位，却已经不堪重任。王阳明继承陆九渊的心学，并将其发扬光大，可谓是为儒学注入了新的活力。
在儒学思想衰落的时候，总有别的思想上升，比如佛学和道学在魏晋南北朝时期的迅速传播。到了宋代，很多优秀的儒者开始重新振兴儒学。他们认识到佛学、道学既然能横行于世，必然有其存在的合理性。很多参透儒释道的大儒糅合了儒释道才创立了宋朝的理学，其中以陆九渊和朱熹两人最有代表性。但经过思想论战和为了满足政治统治的需要，朱学上升为统治思想，陆学不幸被压制下来。
王阳明不以当初论战的结果来断定陆学的价值，而是在传统朱学影响下，对陆学的价值进行再开发。龙场悟道，王阳明彻底倒向陆学，决心宣扬心学思想。经过光明正大的朱陆之辨，王阳明已经承担起了再造儒学辉煌、革除明朝学术弊端的责任。他虽备受责难，却依然痴心不改，最终成为心学大教主，成为空前绝后的一代大儒。
