一些基本格式 http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html
FASTQ
http://blog.sina.com.cn/s/blog_46d703950101c42f.html
http://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format
FASTQ是基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示，最初由Sanger开发，目的是将FASTA序列与质量数据放到一起，目前已经成为高通量测序结果的事实标准。
FASTQ文件中每个序列通常有四行：
1.序列标识以及相关的描述信息，以‘@’开头；
2.第二行是序列
3.第三行以‘+’开头，后面是序列标示符、描述信息，或者什么也不加
4.第四行，是质量信息，和第二行的序列相对应，每一个序列都有一个质量评分，根据评分体系的不同，每个字符的含义表示的数字也不相同。
SAM
http://blog.sina.com.cn/s/blog_46d703950101fpcn.html
SAM是一种序列比对格式标准，由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。
不同的软件，不同的时期，不同的研究方向，都会创建一种或者多种格式标准，当然根据当时的需要，创建符合需求的标准，也是最容易的事情，而反过来想要真正的理解标准，也必须理解为什么要创建这样的标准，解决什么样的需要。我前面的有篇文章已经对于现有的多重比对的格式进行总结，但其更多的站在比较基因组学的角度。当我们去了解sam标准格式是什么的时候，就要思考既然以及有了这么多得标准，为什么还要定义SAM标准，当然拿所有的格式进行比较也并非易事，但是简单的对比，就可以了解其中一二，比如aln格式，是比对视图化的展示，存储的信息不够结构化，无法方便的作为另外程序的输入；表示信息的有限性，如果100个多重比对序列放到一个文件中，查看维护就会非常困难；还有些格式标准挺强大，但是太繁琐，同时不够灵活。那么反过来就是SAM格式的优点，那么SAM如何做到这一点的呢？
SAM要处理好的问题：
非常多序列（read)，mapping到多个参考基因组（reference）上；
同一条序列，分多段（segment）比对到参考基因组上；
无限量的，结构化信息表示，包括错配、删除、插入等比对信息；
SAM分为两部分，注释信息（header section）和比对结果部分（alignment section），注释信息可有可无，都是以@开头，用不同的tag表示不同的信息，主要有@HD，说明符合标准的版本、对比序列的排列顺序；@SQ，参考序列说明；@RG，比对上的序列（read）说明；@PG，使用的程序说明；@CO，任意的说明信息。
比对结果部分（alignment section），每一行表示一个片段（segment）的比对信息，包括11个必须的字段（mandatory fields）和一个可选的字段，字段之间用tag分割。必须的字段有11个，顺序固定，不可用时，根据字段定义，可以为’0‘或者’*‘，这是11个字段包括：
QNAME，比对片段的（template）的编号；
FLAG，位标识，template mapping情况的数字表示，每一个数字代表一种比对情况，这里的值是符合情况的数字相加总和；
RNAME，参考序列的编号，如果注释中对SQ-SN进行了定义，这里必须和其保持一致，另外对于没有mapping上的序列，这里是’*‘；
POS，比对上的位置，注意是从1开始计数，没有比对上，此处为0；
MAPQ，mappint的质量；
CIGAR，简要比对信息表达式（Compact Idiosyncratic Gapped Alignment Report），其以参考序列为基础，使用数字加字母表示比对结果，比如3S6M1P1I4M，前三个碱基被剪切去除了，然后6个比对上了，然后打开了一个缺口，有一个碱基插入，最后是4个比对上了，是按照顺序的；
RNEXT，下一个片段比对上的参考序列的编号，没有另外的片段，这里是’*‘，同一个片段，用’=‘；
PNEXT，下一个片段比对上的位置，如果不可用，此处为0；
TLEN，Template的长度，最左边得为正，最右边的为负，中间的不用定义正负，不分区段（single-segment)的比对上，或者不可用时，此处为0；
SEQ，序列片段的序列信息，如果不存储此类信息，此处为’*‘，注意CIGAR中M/I/S/=/X对应数字的和要等于序列长度；
QUAL，序列的质量信息，格式同FASTQ一样。
可选字段（optional fields)，格式如：TAG:TYPE:VALUE，其中TAG有两个大写字母组成，每个TAG代表一类信息，每一行一个TAG只能出现一次，TYPE表示TAG对应值的类型，可以是字符串、整数、字节、数组等。
要注意的几个概念，以及与之对应的模型：
reference
read
segment
template（参考序列和比对上的序列共同组成的序列为template）
alignment
seq
- SAM的定义：
http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf - 发表的文献：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2723002/ - CIGAR的概念
http://asia.ensembl.org/common/Help/Glossary?db=core - 一篇博客对于sam的解释
http://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM - perl模块
http://search.cpan.org/~lds/Bio-SamTools/lib/Bio/DB/Sam.pm
BED 文件格式
http://blog.sina.com.cn/s/blog_46d703950101fqi5.html
提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释的信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。
每行的数据格式要求一致。
必须包含的3列：
chrom, 染色体或scafflold 的名字(eg chr3， chrY, chr2_random, scaffold0671 )
chromStart 染色体或scaffold的起始位置，染色体第一个碱基的位置是0
chromEn 染色体或scaffold的结束位置，染色体的末端位置没有包含到显示信息里面。例如，首先得100个碱基的染色体定义为chromStart =0 . chromEnd=100, 碱基的数目是0-99
9 个额外的可选列:
4. name 指定BED行的名字，这个名字标签会展示在基因组浏览器中的bed行的左侧。
5. score 0到1000的分值，如果在注释数据的设定中将原始基线设置为１，那么这个分值会决定现示灰度水平（数字越大，灰度越高）
6. strand 定义链的方向，''+” 或者”-”
7. thickStart 起始位置（The starting position at which the feature is drawn thickly）(例如，基因起始编码位置）
8. thickEnd 终止位置（The ending position at which the feature is drawn thickly）（例如：基因终止编码位置）
9 itemRGB 是一个RGB值的形式, R, G, B (eg. 255, 0, 0), 如果itemRgb设置为'On”, 这个RBG值将决定数据的显示的颜色。
10 blockCount BED行中的block数目，也就是外显子数目
11 blockSize 用逗号分割的外显子的大小, 这个item的数目对应于BlockCount的数目
12 blockStarts- 用逗号分割的列表, 所有外显子的起始位置，数目也与blockCount数目对应.
