作者，Evil Genius
10X Visium HD发布了，那么高精度平台又多了一个巨无霸，面对如此多的平台，我们该如何选择？
我们来汇总一下，这些平台全部都介绍过
| 平台 |
精度 |
是否单细胞级别 |
图片与数据是否可以结合 |
测序组学 |
可视化软件配套情况 |
注意事项 |
| Nanostring CosMx Spatial Molecular Imager |
细胞级 |
是 |
是 |
转录、蛋白 |
有CosMx |
贵 |
| 10X Genomics Xenium |
细胞级 |
是 |
是 |
转录 |
loupe |
单细胞级别算法推断而来，检测需要panel，目前检测基因的通量不足，据说要达到5000级别 |
| 10X Genomics Visium |
55um |
否 |
是 |
转录 |
loupe |
精度低 |
| Akoya CODEX |
单细胞级 |
是 |
是 |
蛋白 |
有 |
蛋白组，通量低、精度高 |
| 10X Genomics Visium HD |
亚细胞级 |
亚细胞级 |
是 |
转录 |
loupe |
高精度，目前5万/样本 |
| BGI STOmics |
亚细胞级 |
亚细胞级 |
否 |
转录 |
无 |
图片和数据不能结合，区域划分和数据分析困难较大 |
| 百创S1000（听说升级了版本） |
亚细胞级 |
亚细胞级 |
否 |
转录 |
不清楚，大概率无 |
接触很少，具体细节不了解 |
| 寻因 |
单细胞级别 |
单细胞级别 |
是，但是不是建库测序的图片而是临近的组织图片 |
转录 |
云平台，目前尚未商用 |
采用空间核转录组捕获技术 |
这些技术促进单细胞级空间数据的生成。
至于高精度空间平台的细胞注释，说了很多遍了，大家可以参考
而其中最好的空间平台，自然是10X系列，其中10X Genomics Visium HD目前应该没有敌手。
精度高了自然好多了。
国产平台没有好用的配套的可视化软件真的是硬伤啊。
关于邻域分析，分享了很多了，这次再来补充一点，三个软件全部分享过。
对于hoodscanR，使用plotcollocal函数进行邻域识别和共定位分析。相反，Squidpy和Giotto使用gr.spatial_neighbors和createSpatialDelaunayNetwork函数进行网络图构建，然后分别使用gr.nhood_enrichment和cellProximityEnrichment函数进行共定位分析。
其中hoodscanR的分析代码如下：
fnc <- findNearCells(spe, k = 100)
pm <- scanHoods(fnc$distance)
hoods <- mergeByGroup(pm, fnc$cells)
##Neighborhoods analysis
plotHoodMat(hoods, n = 10, hm_height = 5)
plotColocal(spe, pm_cols = colnames(hoods))
生活很好，有你更好
