1940年5月，朱可夫晋升为大将，不久被任命为苏联最大的军区基辅特别军区司令员。1941年6月22日，德国撕毁《苏德互不侵犯条约》，出动550万军队入侵苏联。德军分三路进攻，北进列宁格勒，中进莫斯科，南进基辅。苏军仓促应战，损失惨重，未能挡住德军，丢城失地。德军3周内推进300—600公里。7月下旬，南进德军距基辅仅15至20公里。斯大林下令死守基辅。7月29日，在斯大林的办公室里，发生了我前面提到的那次著名的争吵，事实证明，朱可夫是对的。
7月31日，朱可夫正式上任，成为预备队方面军总司令。这时，中路德军已攻占斯摩棱斯克，切断明斯克—莫斯科公路，完成对苏军第16、第20和第19三个集团军共12个师的全部合围。苏军增调20个师，从罗斯拉夫利和别雷发动进攻，欲图夺回斯摩棱斯克，未获成功。苏第16、第20集团军突围也未成功。
苏军最高统帅部将朱可夫的预备队方面军投入斯摩棱斯克会战，命令朱可夫夺回叶利尼亚突出部。朱可夫用第24集团军的10个师于8月30日发起进攻，9月8日收复叶利尼亚突出部，并向西推进了25公里。这是苏德战争期间，苏军取得的第一次胜利，这次胜利极大的鼓舞了苏军的士气，也展现出朱可夫指挥才能之卓越。
斯大林得知了朱可夫取得的重大胜利后非常高兴，9月9日，接替朱可夫的苏军总参谋长沙波什尼科夫给朱可夫打电话，要求朱可夫撂下手头的工作，在晚上8点之前到莫斯科开会。斯大林有一个脾气，他最讨厌部下开会迟到，哪怕是1分钟也不行，可是由于预备队司令部距离莫斯科的路程较远，朱可夫9点5分才抵达莫斯科，来到斯大林的办公室，他对斯大林说到：“对不起斯大林同志，我来晚了1小时。”斯大林微笑着回答说：“不，你来晚了1小时零5分钟。饿吗？”“饿。”“那就边吃边谈吧。”注意了，此时的斯大林是面带微笑的，斯大林明明非常讨厌部下迟到，可是却没有责怪朱可夫，这是斯大林在以一种特殊的方式向朱可夫承认自己的错误。斯大林问朱可夫有何打算。“重返前线！”朱可夫回答。“回哪一个前线？”斯大林问道，“回您认为最需要我的前线。”朱可夫铿锵有力的回答道。斯大林命令他立即前往陷入德军重围的列宁格勒，接任列宁格勒方面军司令员，指挥部队全力保卫列宁格勒，从此以后，朱可夫就成为了“斯大林的救火员”。
9月13日，朱可夫抵达列宁格勒，一下飞机，他便径直赶往列宁格勒方面军军事委员会所在地斯莫尔尼宫。朱可夫的到来打断了方面军军事委员会会议，他接管司令员伏罗希洛夫的军权，开始指挥列宁格勒保卫战。朱可夫提出了一句响亮的口号：不是列宁格勒惧怕死亡，而是死亡惧怕列宁格勒！朱可夫迅速调整了部署，采取了种种有效的防御措施。他将高炮部队调到乌里茨克—普尔科沃等高地，用高炮打坦克。他还将包括舰炮在内的各种大炮集中在关键地区，统一使用。
除了军事方面，朱可夫还合理地配备了每个人的口粮：士兵和修筑防御工事的平民，每天14盎司面包（不到0.5kg），儿童和伤员，每天7盎司。有一天，朱可夫在街上视察，走着走着，该吃午饭了，他蹲在地上吃面包，吃着吃着，他看见有两个小女孩看着他，朱可夫把她们叫过来，问她们有什么事，她们回答道：“我们想帮您用手接着您撒下的面包渣，免得浪费。”朱可夫听到这句话，面色顿时凝重起来，他站起来，把面包掰开，分给两个孩子一半，然后对随行人员说道：“我们的孩子饿成这样，这是我们军人的耻辱！为了他们，我们一定要打败希特勒匪徒！”这个小故事充分的表现了朱可夫对人民那种深沉的爱。
朱可夫在列宁格勒指挥了24天，终于迫使德军由进攻转入防御，此时，莫斯科接连告急，斯大林连续两次打电话命令朱可夫飞往莫斯科，指挥莫斯科保卫战。9月30日，德军开始了对莫斯科的攻势，发动了“台风”作战，朱可夫来到斯大林的办公室，看着作战地图，朱可夫感受到自己责任重大，他立即着手布置作战任务。有一天，朱可夫来到莫斯科西南110公里的奥勃宁斯克视察，路过一个小镇，坐在车上的朱可夫突然看到一个在废墟中有一个老太太正在废墟中挖着什么，朱可夫感到很奇怪，他下车来到老太太的身边问她在干什么，老太太抬起头，睁大了双眼望着朱可夫，没有说一句话，又低下头继续挖着，朱可夫更加奇怪了，他继续问这个老太太，可是她一句话也没有回答。这时，旁边走出一个中年妇女，她对朱可夫说道：“将军同志，你不要再问她了，她不会回答你的，她的精神已经崩溃了。”原来，老太太的儿子在明斯克战役中阵亡了，她和她的孙子住在这里，两天前，德国空军进行了空袭，那时她正在井边打水，她眼睁睁的看着炸弹落在自己的房子里……说着说着，这位妇女泪流满面，此时的朱可夫也落泪了，他甚至忘记了安慰这位妇女，后来他回忆说：“当时我难过极了，没能对她们说出任何一句安慰的话，这位老太太的悲哀与痛苦深深地烙印在我的心里，不时地折磨着我，为了她们，我们必须打赢这场战争。”
在保卫苏联伟大首都的战役中，朱可夫率领苏联红军巧妙的进行防御，适时的进行反突击，充分的展示了他卓越的指挥才能，使德军遭到了二战以来的第一次重大失败。经过6个多月艰苦卓绝的英勇奋战，德军共损失了约50万人，1300余辆坦克，2500余门火炮和其他武器装备。
从列宁格勒到莫斯科，从莫斯科到斯大林格勒，从斯大林格勒到库尔斯克，再到攻克柏林，朱可夫几乎指挥了苏联卫国战争中所有的重大战役，
也成为了苏联胜利的代名词，那么朱可夫是不是一次都没有失败过呢？当然不是，战场上没有常胜将军，就连神将朱可夫也不例外，他军事生涯中少有的一次败仗是败在了被称为“希特勒的救火员”的莫德尔手下，在这里我就不细讲了，写到斯大林格勒战役的时候我自然会讲到这场战役。
很多读者可能要问了：为什么这场战役我们都没有听说过呢？答案很简单，对苏军来说，斯大林格勒战役的光辉胜利完全掩盖了勒热夫突出部的惨败。朱可夫的仕途丝毫没有受到此次败绩的影响。因为朱可夫是一个坚强的斗士，而斯大林此时最需要他这样的斗士。苏联官方历史里，朱可夫和华西列夫斯基分享了斯大林格勒战役的功劳。一年半后，朱可夫策划并参与指挥了“巴格拉季昂”攻势，一举歼灭德军第9集团军和第3装甲集团军，总算报了一箭之仇。
一将功成万骨枯，朱可夫是这句名言最贴切的典范。战争结束以后朱可夫如日中天，形同战神，苏联军史为尊者讳，极力掩盖朱可夫的缺点和败绩。官方历史几乎见不到“火星行动”的记载，朱可夫本人的回忆录也语焉不详。因此很少有人知道，莫德尔曾经让朱可夫遭受其军事生涯最惨痛的一次失败。
当鲜艳的苏联国旗插在德国的国会大厦上时，朱可夫迎来了人生最辉煌的时刻，被任命为苏联武装部队陆军总司令，在苏联可谓是人尽皆知，可是俗话说得好：“水满则溢，月盈则亏。”朱可夫的悲剧命运也从此开始了。
