MonaGO:一款新颖的交互式富集分析web工具

Monash Gene Ontology (MonaGO) 是一种新颖的基于 Web 的可视化系统,它提供了一个直观、交互式和响应式的界面,用于执行 GO 富集分析和可视化结果。MonaGO支持基于DAVID富集结果可视化,或者直接输入GO terms进行可视化。

网址:https://monago.erc.monash.edu/

支持以下三种形式:

image-20220310091119921

一、提交GOterms直接可视化

image-20220310091640169

可以手动粘贴或者上传csv文件,格式只有三列:GO terms、P值、该term相关基因,注意基因直接用;号间隔

image-20220310093038890

提交文件之后,左下角可以选择允许的最大P值或者手动输入

选择距离测量:可以通过下拉菜单选择距离测量。这就是如何比较GO术语之间的相似性,以便对相似的术语进行聚类。这里有三个选项;首先是“Number of overlapping genes”,这是GO术语中共有基因的百分比。第二个选项"Resnik similarity between GO terms"和“Simrel between GO terms”是两个GO术语之间的语义相似性度量。

点击提交,即可产生交互式界面

image-20220310093849542

主界面是一个弦图,它附加了辅助的可视化元素,包括GO术语标签和分层聚类树。标签中使用前缀代表GO数据库三个分支,如BP(生物过程)、CC(细胞成分)和MF(分子功能)。

鼠标指定GO trem上时候,右侧面板会显示出相应的细节信息,已经该GO term的Hierarchy结构信息,点击save image可以保存相应的图形。

image-20220310094147225

Details信息上方有搜索框,可以输入GO term或者Gene ID 进行快速检索

二、提交MonaGO的输出文件

可以下载存储主和弦图的当前状态的JSON文件,并上传以获得恢复。可视化界面中点击Export File可以输出monago格式文件,方便后续上传修改。

三、使用DAVID结果

MonaGO可以输入genes list并通过DAVID服务器得到富集结果并可视化,可看到与David功能界面大体一致。

image-20220310094942775

总的来说操作并不复杂,不失为富集结果可视化的一种替代方式,感兴趣的可以试一下~~

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 200,176评论 5 469
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 84,190评论 2 377
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 147,232评论 0 332
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 53,953评论 1 272
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 62,879评论 5 360
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,177评论 1 277
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,626评论 3 390
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,295评论 0 254
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,436评论 1 294
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,365评论 2 317
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,414评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,096评论 3 315
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,685评论 3 303
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,771评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 30,987评论 1 255
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 42,438评论 2 346
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,032评论 2 341

推荐阅读更多精彩内容