这篇文章主要介绍做RNA Velocity需要怎么做,至于原理请参考原文章
在做RNA速率之前需要先准备loom文件,换句话说就是要完成RNA速率分析需要两步:(两个软件 velocyto和scVelo)
直接上代码,① 第一步执行
velocyto run10x -m repeat_msk.gtf mypath/sample01 somepath/refdata-cellranger-mm10-1.2.0/genes/genes.gtf
其中 repeat_msk.gtf
去这里下载
genes.gtf
是基因组注释文件。去10X官网上下载也行。你当时跑cellRanger肯定会在官网下载一个参考基因组的文件(人类的大概是10G的一个文件,大概叫这个名字 refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0.tar.gz),这个文件就在你当时下载的文件的reference目录下的gene文件夹下
然后就会生成一个velocoty的文件夹,要用的loom文件就在这里面
②这一步就跟着这里做就好了