小说主人公包法利夫人，本命叫艾玛，是一个农场主的千金，虽然家境不是很阔绰，但是父母总是尽全力给女儿最好的教养。艾玛十三岁时就读于当地有名的修道院女子贵族学校，这里散漫安逸的生活使得艾玛深受诗歌，音乐，还有浪漫主义小说的影响，她时常“幻想自己住在竹子小屋里面，有心爱的王子爬上钟楼那么高的大树为她摘红果子，或是赤脚奔跑在绵软的沙滩上，给她抱来一个鸟巢。”她的内心极度渴望完美的爱情。母亲去世之后父亲把她接回了家，帮着打理农场的事务。一次偶然的机会让她认识了当地乡镇上比较出名的医生——夏尔.包法利。这个夏尔因为医治好了她父亲的腿伤，还三番五次的探望慰问，所以父女两对他都深有好感。而艾玛的出现，对夏尔来说就像夏天花园里还沾着露珠的粉色玫瑰一样，在晨光里闪烁，让他心生向往。可夏尔医生却是个有妇之夫，他的婚姻生活过得也很不幸福，在父母的安排下娶了一个比自己大很多的寡妇为妻，只为了寡妇一年一千两百珐琅的收入。妻子蛮横霸道，夏尔在家里很没地位。不过好巧不巧的是，一日寡妇得知财产保管人带着自己的所有家底跑路了，气的吐血身亡。这下夏尔和艾玛便顺理成章的在一起了。艾玛以为自己得到了理想中爱情，可是婚礼却是在自家的田园里简单操办了一下，这让艾玛不免有些失落。然而这才是悲剧的刚开始。
婚后的艾玛希望丈夫能够多陪陪他，可是夏尔每天天不亮就要出诊，晚饭时间才回到家，只有周末的时间才能腾出空来和她单独相处。起初艾玛也尝试着理解夏尔的辛苦，于是每天都为他精心准备好餐食，可夏尔似乎对这些并不感冒，他只是对艾玛的辛苦劳动表示肯定，却忽略了她的那些“精心设计”。夏尔不在家的时间，艾玛也尝试着看书，弹琴，刺绣等打发时间，可她发现这些根本没法填补她内心的空虚，夏尔也不懂得欣赏。艾玛还发现夏尔很蠢，他既不会骑马射箭，又不会游泳，更不会放枪。一次，爱玛用传奇小说中一个骑马的术语问夏尔，他竟听不懂，一脸茫然。艾玛开始后悔自己为什么要结婚，为什么会嫁给夏尔这样一个粗俗的人。不久之后的一天，夏尔帮助一个侯爵医好了病疾，故侯爵盛情邀请夏尔夫妇前往自己的田庄参加宴会。这一次的宴会，让艾玛见识到了上流社会的纸醉金迷，风流快活，她的身体和意识也不知不觉沾染上了某种气息。她越来越厌倦现在平静如一潭死水的生活。渴望新的刺激。她开始变得懒散任性，顿不顿就发脾气。身体也日渐消瘦。夏尔怕她生病，也想着换个环境或许能让她的状态有所好转，于是他们从托特便搬家去了荣镇。
来到一个新的环境，他们结识了新的朋友，金狮旅店的老板娘和她的伙计们，还有药剂师奥默先生和他的一家，税务员比内先生，还有年轻的法律实习生莱昂。而年轻又颇具见识的莱昂在见到包法利夫人时，立刻被她身上的某种气质所吸引，很快两人便展开了交谈，发现了很多共同话题和爱好。年轻人英俊的外表和优雅的谈吐让艾玛颇有好感，两人逐渐产生了情愫。此时艾玛已经身为人母，但她把女儿托管给一个木匠的妻子照管了。她还时不时让莱昂陪同她去木匠家看望女儿，完全不顾及别人的眼光。艾玛能感受到莱昂对她的爱慕之情，她只是表面不说穿，心里其实早已泛起浪花，但介于她现在为人妻，不敢逾越界限。而莱昂此时也是个怯懦的书生，有贼心没贼胆，他几番欲向艾玛表达自己的情意，可艾玛总是故作矜持。爱玛生日时，莱昂送了一份厚礼，爱玛也送给他一张毯子。正是在这个时期，有个名叫勒合的商人看出了艾玛是个附庸风雅的女人，于是便主动上门招揽生意，他向艾玛推销很多精美昂贵的物品，充分满足艾玛的虚荣心。艾玛称自己没那么多钱，勒合便设法让她赊账。艾玛也意识到了自己危险的想法，她试图得到救赎，于是她去教会找神甫，想倾诉自己内心的的苦闷，可神甫却漫不经心的应付着她，完全没给她机会说出想法。她感到很失望。而莱昂也终于忍受不了感情上的煎熬，借着去巴黎读书为由离开了荣镇。莱昂走后艾玛顿时觉得自己的世界陷入一片灰暗。对莱昂的怀念使她更加烦恼，心情抑郁，生了一场大病。
之后艾玛遇到了让她再次沦陷的第二个男人——罗多夫。这是一个有着几处田庄，年收入超过一万五千法郎的地主。也是一个风月场上的老手。一次，他带着自己的马夫去让夏尔医生放血，在医生家里第一次见到了楚楚动人的包法利夫人，这让他起了坏心思，他在心里暗暗发誓，一定要搞定这个女人。他借着在荣镇开农业展览会的名义接近艾玛，让艾玛为他当向导，趁机向她诉衷肠，他声称自己是个没人喜欢，没有朋友的可怜虫，想博取艾玛的同情。艾玛果然吃这一套，很快便和罗多夫产生了情感上的共鸣。他们谈论现世的庸俗，生活的苦闷，理想的幻灭等等。不知不觉中，艾玛的心已经被眼前这个高大俊朗，风度翩翩的男人给偷走了。展览会后，艾玛的脑海里常浮现罗多夫的形象，挥之不去。她已经爱上他了。而罗多尔夫却有意过了六星期才去看她。他以关心艾玛的健康为由，把自己的马借给她骑。他们一同到野外散心。艾玛经不起罗多尔夫的诱惑，做了他的情妇。他们瞒着包法利医生常在一起幽会。而夏尔一天忙于工作，似乎对这一切毫不感冒。爱玛在罗多夫身上体验到了从未有过的情欲满足，她的感情已经发展到狂热的程度，她要求罗多夫带她走，和她一同私奔。罗多夫对艾玛这近乎疯狂的请求感到震惊！无奈之下他只好口头答应了，出发的时间却一拖再拖，而艾玛早已收拾好行装，随时准备开启她的新生活。她从商人勒合那里订了两个大行李箱，还有其他随行物件。终于等到了约定的时间，罗多夫却只送来了一封信。他反悔了，撇下艾玛去找他的戏子情妇去了。艾玛伤心到痛不欲生，再次病倒了。
原本心如死灰的艾玛，在经历了身体和精神上的双重打击之后，终于想着要重新振作起来，好好生活了，她在心里鄙视男人的无情无义，决心做个好妻子好妈妈。可是好景不长，一次在药剂师的建议下，夏尔决定带艾玛去剧场看戏散散心，在剧场的包厢里，艾玛意外的见到了莱昂，此时的莱昂已经不再是那个不谙世事的少年了，他已经变得成熟老练，富有心机了。一见到艾玛，他便毫不掩饰的表达了对艾玛的思念之情，并强烈恳求艾玛次日留下来再陪他看一场戏，艾玛动摇了。于是第二天夏尔先回去了，艾玛和莱昂又是参观教堂，又是坐马车兜风，风流快活了一天。此后便一发不可收拾，艾玛借着找老师学钢琴的名义每周都去见莱昂，为了供给她每个月的开销，她向商人勒乐先生借了高利贷。甚至抵押了房产。然而日子久了，艾玛渐渐感到这习以为常的幽会和平淡的婚姻没什么两样，甚至有时候她还会觉得莱昂就是个小人物，不中用。莱昂也觉得艾玛过度的占有了他的身心，甚至影响到了他的工作，加上母亲得知他勾搭了有夫之妇，更是极力反对，他自己也怕影响了前程，于是开始逃避艾玛。
而就在此时，艾玛收到了一张法院的传票，是商人勒合通过法律手段逼她还债的，警告她二十四小时之内如果还不清巨额欠款便扣押所有房产和家具。起初艾玛以为是商人威胁她使的伎俩，于是去找勒合理论，原来她平时买东西老是忘了付钱，花销也不记账，票据老是延期，所以利滚利欠下了巨额债务。这可把她吓坏了，她向勒合说好话求情也无济于事，于是她跑去找莱昂，莱昂骗她说要找朋友帮忙，消失了一整天，回来说没有借到，之后又躲开了。她听了女佣的建议跑去向。律师借钱，但那个老色鬼只想占有她，并不想借钱给她，艾玛不肯受辱，气愤的离开了。时间越来越少，她还有什么办法呢？无奈之下，她只好去找罗多夫，然而罗多夫太了解她了，不但没有借给她钱，还说了一堆风凉话。艾玛觉得自己受尽屈辱，从罗多夫家出来之后她整个人都几近崩溃。她摇摇晃晃的跑到药剂师家里，看到他们都在用晚餐，她问药剂师的学徒要了阁楼的钥匙，跑上去自服了砒霜！这下她想，“一切欺诈，卑鄙和折磨她的无数欲望，都和她不相干了”，回到家里她便躺在床上静静等待死亡，在经历了几次痛苦挣扎之后，艾玛终于解脱了。临死之前她对夏尔说了一句：“你是个好人。”
失去妻子的夏尔痛苦万分，因为他很爱艾玛，并且深信艾玛也是爱自己的。他认为自己做的很好，尽全力给她想要的生活，不想换来这样的结局。为了还债，夏尔变卖了所有家产，但是他还想试图培养女儿，想让她变得跟她母亲一样。直到有一天他翻抽屉时发现了艾玛和莱昂互通的情书，还有罗多夫的画像，他才明白了一切。再一次见到罗多夫，夏尔居然原谅了这个曾经的情敌，他认为这一切都是命运的错。此后他一天比一天消沉，整个人的状态糟糕透了。最后，他郁郁而终。而他和艾玛的孩子也经几番转手，最后被送去沙场当了童工。夏尔.包法利死后，药剂师奥默先生没有了竞争对手，之后再来荣镇发展的医生都被他设法排挤走了，他获得了政府的十字勋章。
至此，故事结束。
