miniconda镜像
查看服务器多少位
创建biosoft文件夹
mkdir biosoft
下载
使用 wget 下载
bush Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh
开始安装
按enter继续
同意协议输入yes回车
确认好后按enter继续
不知道啥意思但是输入了yes
激活 source ~/.bashrc
添加镜像
add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --set show_channel_urls yes
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ ^C
使用conda
conda list 查看当前服务器上安装的所有软件列表
安装fastqc软件
conda install fastqc 一步步安装，需要确认的问题需要手动输入
conda install fastqc -y 安装过程中conda问的问题全部回答yes
确认软件是否安装成功
查看fastqc的帮助文档确认是否安装成功
fastqc --help
卸载软件
conda remove fastqc -y
关于conda init
安装时通过运行conda init这个程序来初始化miniconda3
参考
官方建议的是选yes，那么选择yes和no有什么区别呢？
1、选择yes：
选择yes的话，bashrc文件中会添加以下内容，这样在打开终端时自动执行conda activate root命令，这样在终端输入python的时候默认是python3（CentOS7及7以下默认装的是python2）。
这样的话，启动虚拟机shell命令前面出现(base)字样，默认python3（当然，conda deactivate这个命令又可以回去）
2、选择no：
选择no的话，在安装完anaconda后需手动添加环境变量：
以下是选择no的终端shell命令格式：
这里，终端输入python，就会选择python2，当然可以通过以下命令切换到python3:
conda activate root
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原文链接：https://blog.csdn.net/qq_41126685/article/details/105525408
查看当前conda有哪些环境
conda info --envs
建立一个新环境
conda create -n RNA_seq python=3 fastqc trimmomatic -y
创建名叫RNA_seq的新环境，环境python版本为3，安装软件fastqc、trimmomatic.
再次查看conda下有哪些环境
当前环境前面带有*
激活新环境
conda activate RNA_seq
退出当前环境
conda deactivate
