“长孙无忌，你好大的胆子！”李渊被挟持到了海池，龙颜大怒，心中已有几分不安，可周围全是秦王李世民的心腹，没过多久，朝中大臣也被陆陆续续遣送到了海池。

“陛下，请您稍安勿躁！”长孙无忌腰挎利刃，抱拳奏道，“东宫太子与司徒齐王谋逆，企图谋害陛下，臣奉秦王殿下之命，护送陛下及诸位到此，以保周全。”

李渊与众大臣无奈，一时不知如何是好，只能乖乖的留在海池。

与此同时，李世民见东宫护卫军纷纷朝自己杀来，随即大手一挥，早已埋伏在临湖殿的尉迟恭、侯君集、杜如晦和房玄龄等人率军杀出。玄甲军自创立以来，就只听秦王号令，冲锋陷阵，身经百战，面对未经战阵的东宫护卫军，简直犹如恶狼群撞上了小绵羊。很快，三百东宫护卫军几乎被屠戮殆尽。

李建成与李元吉见状不对，纷纷调转马头，带着残兵朝着玄武门溃逃。

看到李建成李元吉拨马逃跑，李世民拍马追杀，并高声喊道：“太子与齐王谋逆，诛杀二贼！”

李元吉恨得咬牙切齿，边逃边埋怨道：“早劝太子不能心慈手软，杀掉李世民，哪会有今日之狼狈。”

“元吉休要胡言，赶紧逃命吧，到了玄武门就安全了。”李建成重重拍了马屁股，恨不得转眼就到玄武门。可是令李建成想不到的是，玄武门早已经落入李世民之手，就等着李建成和李元吉往套里钻了。

巳时整，李建成和李元吉率领残兵抵达玄武门，见宫门紧闭，遂高喊“开门”。其时，张公瑾率领三百玄甲军早已等候在此，见李建成和李元吉到来，遂现身问候道：“太子，齐王，末将在此恭候多时了。”

看到张公瑾立于宫城上，李建成顿觉心凉了大半，眼前一面暗淡，险些昏倒在地。李元吉急忙扶稳李建成，说道：“大哥，我们兄弟俩，今天看来是凶多吉少了。既然事已至此，干脆拼他个鱼死网破，杀了李世民，也算是赚了。”

“对，和他拼了。”李建成奋力坐稳了身子，说道，“玄武门一关闭，冯立和万彻一定会率领宫府军前来救驾。”

“大哥，四弟，你们已经无路可走了，还是放下兵器，投降吧。”说话间，李世民已经赶到了玄武门，“父皇面前，我自会好言相劝，保你们性命无忧。”

“李世民，你别再假惺惺的了，本宫真是后悔，悔不当初啊！”李建成缓缓抬起了头，天还是那么蓝，泪水在眼眶里打着旋，近乎哽咽道，“你我兄弟，一母同胞，落得骨肉相残，何至于此啊？”

“大哥，放下兵器吧！”李世民劝道，“事已至此，多说无益，臣弟不忍害你性命，别再做无谓的挣扎了。”

趁着李建成与李世民对话时，李元吉悄悄弯弓，对准李世民连射三箭。一支被尉迟恭用钢鞭击落，一支被侯君集用青锋剑拍飞，还剩一支径直击向李世民，却被李世民一手牢牢抓住。

这三支箭，射落了李世民与李建成、李元吉之间最后的兄弟情义，射灭了太子和齐王最后一丝生的希望。随着李世民轻轻一招手，轻哼一声“杀”，其身后的玄甲军纷纷涌出。李建成与李元吉率领仅剩的残兵，朝着李世民杀去。

长安的天，原本晴空万里，却瞬间变得乌云密布、电闪雷鸣，仿佛是这一场宫城内的厮杀，惊动了九天之上的神仙。城中百姓眼见天变，赶忙奔回自家。冯立与薛万彻见玄武宫门紧闭，太子进宫久无音讯，遂按照先前约定，率领两千宫府军直击玄武门。

玄武门内，在玄甲军的围攻下，李建成与李元吉奋力反抗，发髻和衣裳早已凌乱不堪，浑身被鲜血浸透，仅有的残兵已被清理干净。

李建成已经筋疲力尽，瘫坐在地上，仰天长啸：“苍天，你公平吗？”

顿时，如珍珠般的雨滴，洒在满是血渍的李建成面庞上，夹杂着泪水，顺流而下。玄甲军将李建成和李元吉团团围住，谁也不敢真正将二人杀死，纷纷执戈，不敢动手。

“李世民，动手吧！”李建成脸上血泪雨混杂，眼神毫无生气，嘶吼道，“这天下，是你的了。”

“大哥，臣弟送你一程。”说着，李世民从背上取下弯弓，搭上利箭，朝着李建成疾射而出。利箭穿过层层雨幕，正中李建成心口。李建成咽下最后一口气，缓缓闭上了双眼，往事一幕幕闪现在他脑海中，再没有呼吸。

“二弟，这射箭是有技巧的，讲究的是三点一线。”

“大哥，此去河东，千难万险，务必珍重！”

“二弟，我们到长安了，从今往后，这天下改姓李了。”

“二弟，虎牢关凶险，你要好好保重自己，活着回来。”

“大哥，我从东海给你带了一颗夜明珠，还请笑纳！”

“二弟，刘武周狡诈多变，你要多多提防。”

李世民一箭射死了李建成，呆呆地站在原地，回忆涌上心头，懊恼、悔恨、自责、悲伤，齐刷刷地占据着他的脑袋，就是没有一丝喜悦。

“李世民，你还是人吗？”李元吉疲惫地站在李建成身边，任由雨水冲刷血渍，他近乎咆哮道，“大哥，臣弟这就为你报仇！”

说着，李元吉极力提起刀，一步一步地朝着李世民挪步。玄甲军只得围着李元吉，不敢擅动。这时，玄武门外传来一阵骚动，是东宫的宫府军在冯立和薛万彻的率领下，正在冲击宫门。

李元吉见援军已到，遂哈哈大笑，喊道：“李世民，听见了吧，我们的援军到了，即便杀了我和大哥，你也要死在这儿。”

李世民抬头盯了李元吉一眼，吩咐玄甲军让开一条道，狠狠说道：“你们去守住宫门，把元吉交给我。”

玄甲军齐声应道“诺”，随即向宫门奔去。

李元吉虽说已经十分疲惫，但是常年习武，武力深厚，且稍作休息，体力已经恢复许多。而李世民虽说常年征战，也不过是精通军事，运筹较多，近身战斗却是比不过李元吉。

两兄弟在狭长的甬道间展开生死对决，在这个大雨倾盆的清晨，仿佛万物都屏住了呼吸，只听得刀剑碰撞的声音。李元吉聚精凝神，莲步生风，似浮光掠影一般朝着李世民一剑刺去。他知道这是一个难得的机会，只有擒杀李世民，才有机会活下来。

就在长剑近身之际，李世民突然倾身跨步，躲过了李元吉的击杀，随即聚掌成拳，朝着李元吉的腹部打去。李世民心想着留李元吉一条命，故而这一拳，并没有用尽全力，只打得李元吉涌出一口鲜血，并未伤及五脏及心脉。

李元吉强忍着剧痛，挥剑回砍，李世民连忙用剑鞘进行格挡。不料，李元吉正是狠着心，拼尽了全力，李世民手中的长剑被震落到地上。紧接着，李元吉趁势砍杀，无奈之下，李世民只要从背上取下弯弓与李元吉纠缠。

李世民无论如何也没想到，面对死亡的李元吉，竟然能够迸发出如此强大的战斗力。李世民一个不留神，被李元吉的长剑刺中胳膊。于是，李世民奋力挥动弯弓朝着李元吉的头部击去，李元吉来不及拔出长剑，只得弃了，伸手抢过弯弓，企图用弯弓勒死李世民。

不远处，尉迟恭和侯君集等人率领玄甲军与宫府军激战正酣。尉迟恭担忧秦王安危，时不时地看向甬道处，确认秦王安全才肯放心。这时，尉迟恭回过头看来，正见李元吉用弯弓勒住李世民的脖子。

情急之下，尉迟恭弯弓搭箭，正中眉心，射死了李元吉。

李建成与李元吉伏诛后，尉迟恭和侯君集割下二人的头颅，前往海池向李渊讨要敕旨，并带着宇文士及和裴矩回到玄武门宣敕。然而，冯立与薛万彻根本不相信这一套，照样率军猛攻玄武门，尉迟恭将李建成和李元吉的头颅从城墙上扔下，以瓦解宫府军军心。不料，冯立高喊：“太子遇害，尔等皆是东宫勇士，深受恩宠，当扶太孙继位，以匡正统。”

此话一出，宫府军军心大振，势要为太子报仇，立太孙正统。

眼见着玄武门即将被破，秦琼和段志玄率领二百玄甲军杀到。城上的尉迟恭和张公瑾等人见秦琼到来，群情激奋，随即命人打开宫门，前后夹击宫府军。两军激战二刻，冯立感觉不妙，遂与薛万彻且战且退，转向秦王府，企图用秦王府亲眷作为要挟。

当冯立与薛万彻赶到秦王府时，已是午时二刻，程咬金手持一柄八卦宣花斧，率领一百玄甲军挡在秦王府前。

“二贼还不快快束手就擒？”程咬金大喝一声，吓得宫府军心头一颤。

冯立与薛万彻见形势不对，又率军回赶至东宫，准备带上太孙出逃。没想到，东宫和齐王府早已经被高士廉率领的囚徒军占领，东宫和齐王府中的所有皇孙、皇孙女、侍女及守卫等，尽皆被屠戮。

无奈之下，冯立与薛万彻只好放下手中兵器，对着所剩不多的宫府军说道：“我等尽力拼杀，斩贼将敬君弘、吕世衡等，然太子已逝，无力回天，尔等各自散去吧！”

就此，轰轰烈烈的玄武门之变落下帷幕。

武德九年，六月初四下午，李渊颁布《诛建成元吉大赦诏》：

“朕恭膺宝位，临驭万方，绥育黔黎，于兹九载。欲使仁惠之政，达于天下；德义之方，孚于宇宙。岂谓莫大之衅，近发萧墙，反噬之恶，灭于天性。皇太子建成，地居嫡长，属当储贰，处以少阳，冀克负荷。遂昵近群小，听受邪谋，蔑弃君亲，离阻骨肉，密图悖逆，潜为枭獍。司徒齐王元吉，寄深盘石，任惟翰屏，宠树既厚，职位非轻。背违天经，协同元恶，助成隐慝，递相驱扇，丑心逆迹，一旦尽彰。惟彼二凶，罪穷数稔，祸不旋踵，用取屠戮。念兹丑恶，惭恨盈怀。今祸难既除，氛祲澄荡，国步夷坦，政道惟新，思与万民，涤除更始。可大赦天下。自武德九年六月四日申时已前，罪无轻重，已发露未发露，系囚见徒悉原免。凶逆之事，止在二人，自馀徒党，其被诖误，一无所问，各从旷荡。其僧尼道士女冠宜依旧，军国事皆受秦王处分。”

两日后，李渊立李世民为太子，各种政务皆由其决断。六月十三日，李世民下太子令：“依照礼法，凡有‘世民’两个字不连续的，无须避讳。”十五日，废除陕东道大行台，设置洺州都督府；废除益州道行台，设置益州大都督府。二十六日，幽州大都督庐江王李瑗图谋叛逆，被李靖镇压。二十九日，李世民撤销天策府。

武德九年八月初九，李渊传位给李世民。李世民在东宫显德殿即位，派司空、魏国公裴寂在南郊烧柴祭天，大赦天下。李靖时年五十五岁，官拜灵州道行军总管，兼领刑部尚书衔。