该剧讲述了日本战国时代，以男儿之名继承家业的女城主、井伊家的当家人井伊直虎的生平。
第1集 井伊家的少女
屯子里的三个青梅竹马的小伙伴，阿永（女）、阿鹤（男）、阿龟（男）在村子里魔法师（阿永的叔公--阿永爸爸的叔父）（我不会告诉你他是深夜食堂里的老板？）的教导下学习。其中阿永和阿龟一个姓，都叫井伊，阿永的爸爸是阿龟的侄子，阿龟算是阿永的叔叔，但实际上以兄妹相称。阿永的爹地是村长，阿永是村花，阿龟的爹也是个村干部。阿鹤他爹是村支书，但是姓小野，背地里勾结县长今川义元一家，想取井伊一家而代之，可是阿鹤不知道呢。但是目前村子里的形式一片大好，但是小野家的阴谋才刚刚开始。因为阿永他爹只有阿永一个闺女，按常理讲女的不能当村长，但又怕大权旁落，决定让阿永嫁给阿鹤，这样一来，村长的职位永远都是井伊家的。但是阿鹤的爹地一封举报信送到县长今川义元那里，阿龟他爹第一集就便当啦~古代也要连坐，阿龟也在通缉之列，因此大家决定让阿龟出去避避风头。
（阿龟的爹便当）
第2集 悬崖边上的公主
阿永自然不会让自己的小情人阿龟白白送死，巧施金蝉脱壳之计助阿龟逃亡，阿鹤的爹地的阴谋实现了一半，想让阿鹤与阿永结婚，这样下任村长就是小野家的啦~~~哈哈~~阿永为了阿龟，决心剪掉自己的长发来逃避结婚……
第3集 阿永千钧一发
阿永的行动引起了今川家的不满，今川家要阿永来县城当人质，这时在魔法师的帮助下，以及魔法师的妹妹（阿永的姑奶）和她的女儿濑名（阿永的表姑）的帮助下，通过一场不要脸的足球比赛（和今川家的）阿永摆脱了成为人质的命运。
第4集 女性的次郎法师
阿永出家，成为次郎法师，跟随魔法师学习。次郎法师成为了守护井伊家的龙宫小僧。
第5集 龟之丞归来
九年后，（公元1554）的春天，阿永的未婚夫阿龟回到了屯子里，小情人见面啦。阿鹤长大改名小野政次，恶贯满盈的阿鹤的爹爹终于走到了生命的尽头，不过阿鹤可能就要走上他爹的老路了。
第6集 初恋的殊途
阿龟行成人礼，更名井伊直亲。直亲想让次郎法师还俗成为自己妻子，但迫于政治压力不能成功。直亲只好迎娶奥山朝利的女儿阿莜，奥山家算是井伊家的旁系。
第7集 检地来访
今川家打算查明井伊家的土地，但井伊家想隐瞒自己的土地，在检察官即将来临之际，次郎法师在濑名的助攻下化险为夷。濑名嫁给了大名鼎鼎的德川家康，不过他此时还是今川家的人质。
第8集 还没有小婴儿呢
阿莜和直亲婚后4年无子，原来阿莜嫉妒出家的次郎法师。今川义元终于要攻打织田信长，井伊家当然要出兵了。濑名已为家康诞下一子一女，这次家康也会出兵。
第9集 殒命于桶狭间
历史上著名的桶狭间发生了，这次今川义元、次郎法师的爹、小野政次的弟弟等许多人都战死了。家康趁机独立。阿莜怀孕，小野政次意外杀死了奥山朝利。
（这集中大部分男性角色都领便当了）
第10集 奔跑吧，龙宫小僧
次郎法师一方面保护了小野政次，另一方面拯救了家康的妻子濑名。阿莜沉浸于丧父之痛，生下一子，就是日后的井伊直政，不过现在的乳名是虎松。不幸的是濑名的母亲自杀了。
第11集 再见了，我的挚爱
此时井伊家的当家人是直亲，今川家为他设计了一个阴谋，找人冒充德川家康与之会面，不知其诈的直亲上当，由于小野政次的叛变，直亲被今川家杀死。
第12集 女城主直虎
此时井伊家的继承人仅仅是虎松这个幼儿，为了保护他的生命，井伊家的男儿们几乎都付出了生命的代价。今川家让小野政次当监护人，但在魔法师的帮助下，次郎法师给自己起了个男人的名字井伊直虎，并顺利成为监护人。终于，女城主直虎由此诞生！
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至此，直虎真正成为名正言顺的村长代理人，在丧父丧未婚夫自身出家，家族力量衰退之际，直虎接收的实际上是个烂摊子，外有今川家的虎视眈眈，内有小野政次的野心勃勃，继承人虎松还只是一个孩子，织田、德川、武田的战国争霸，又会给井伊这里带来怎样的腥风血雨呢？直虎如何做才能保全自己的家族和领土，在战国大名的压迫下求得一线生机呢？后面又有那些人物会帮助直虎呢？虽然我们已经大致知道角色最终的历史命运，知道悲剧的无可避免，但我们都想见证井伊直政的成名之路。本剧的收视率一直不高，从开播以来，还没有一集的收视率超过第一集，看来女主并不讨观众的欢心，但收视率应该会比15年的《花燃》稍好些，毕竟后半段织田、德川的崛起，还有濑名信康之死，本能寺之变等历史疑云，期待演员们的演绎。
第13集 当城主真辛苦
井伊直虎当上城主后，很多家臣不服她，连阿莜也不肯承认直虎的地位。井伊家因为连年作战元气大伤，陷入财政危机中，村民想让直虎颁发“德政令”（大赦天下），此时一位商人出现在直虎面前——濑户方久。
第14集 德政令的去向
直虎想让濑户减免因连年战乱而欠下的贷款，濑户却回绝了，而且德政令也并非长久之计。直虎决定收方久为家臣，将祝田村作为封地，让方久帮助村民发展。但是在小野的唆使下，村民直接向今川请愿，而阿莜趁机想剥夺直虎的管理权。
第15集 女城主对女大名
今川家的女领导寿桂尼打算叫直虎来县里汇报工作，实际上是想半路杀死直虎，小野只想夺权也不忍心看着直虎去送死。但机智的直虎巧施金蝉脱壳之计，终于来到寿桂尼面前，展示村民的请愿书，博得了寿桂尼的欢心，也巩固了自己的地位。
第16集 棉毛的方案
为了促进村里的发展，提高GDP产量，方久建议在村子里种植棉花，可是井伊家因为连年征战，人丁不够。在小野的帮助下，直虎成功地募集了人手，但直虎始终无法原谅小野之前的背叛。
第17集 消失的种子岛
直虎看到新式火枪——种子岛，想让村子里的工匠仿造。转眼间，阿莜的儿子虎松和小野的侄子都在大师处学习，但是虎松却十分怯弱，在直虎如父亲般的鼓励下，虎松终于成长为小小的男子汉。小野发觉直虎私造武器的事实，偷走了种子岛，并向直虎摊牌，要求直虎把村长的职务让给自己。
第18集 名为背叛的鹤
小野要求直虎和自己一起去骏府县城说明情况，方久为了证明直虎的清白，抢先一步去县里说明情况。直虎意识到政次一直以来的所作所为貌似是想争权夺利，实则是为了保护井伊家的安全，政次要想瞒住敌人首先就要瞒住身边的人。此外，武田家的嫡长子武田义信被其父武田信玄幽闭，武田义信的妻子是今川义元的女儿，也就是寿桂尼的孙女。行将就木的寿桂尼为了挽救武田-今川同盟，又一次力挽狂澜，要求武田信玄释放他的儿子，但这一切都是徒劳。武田义信之死和今川家的灭亡已经是无可挽回的啦。政次虽然被洗白了，但是还要一直伪装下去。
第19集 罪与罚
寿桂尼大难不死，还在苦苦支撑着今川家，今川-武田联盟破裂，今川要与德川（现在的松平）结盟，但今川家气数将尽，历史上是武田-松平联手瓜分今川，今川氏真逃到妻子的娘家北条。神秘男偷偷砍伐井伊和附近村子的树木，结果被抓，还引发了与邻村的矛盾。直虎想救他一命，政次也暗中帮助。奈何神秘男偷偷越狱，直虎有苦难言。
第20集 私生女
一个声称父亲是阿龟的女儿高濑来到井伊认父，阿龟（直亲）早已去世，直虎想证实她的身份，小野却怀疑她是武田的间谍。阿莜和直虎虽然不能原谅直亲当时在逃亡中的背叛，却意外地促成了阿莜和直虎的和好。高濑唱起了直亲当年的曲子，直虎和小野肯定了她的身份。于是高濑正式成为井伊家的一员。直虎意识到武田-今川联盟破裂的主谋竟是织田，松平无力与今川结盟帮助对抗武田，武田要与织田结盟，所以今川要与武田结盟一起瓜分今川。
第21集 你的名字
神秘男在无意中绑架了直虎，并向井伊索要赎金，在大家的通力帮助下直虎顺利逃脱。直虎和神秘男之间有着奇妙的缘分，神秘男告诉直虎他的名字是云龙丸。直虎邀请云龙丸去砍伐井伊的树木来赚钱，云龙丸答应了直虎的请求。
第22集 龙与虎
云龙丸带着他的一帮属下到了井伊的地盘，开始伐木工作，但是由于之前他们的偷盗习惯引起了原住民的不安。小野建议让原住民偷学技术，到时候再把云龙丸们赶走。可是爱民如子的直虎不忍心赶他们走，并把云龙丸的遭遇和当年未婚夫直亲的经历联系起来，想把云龙丸收为家臣。但是之前想抓云龙丸他们的领主前来井伊要人。小野和直虎会如何处理接下来的矛盾呢？
第23集 盗贼两度偷佛像
井伊家附近村子的村长知道了龙云丸们藏匿在井伊前来找直虎要人，政次派阿夏提前通知龙云丸们逃走。隔壁村的村长声称是龙云丸们偷走了他们的佛像，老和尚知道他们是贼喊捉贼，将计就计让龙云丸把藏起来的佛像放回原处，当面揭穿了他们的阴谋。直虎和龙云丸的感情渐深，想收龙云丸为家臣，但龙云丸却没有答应。
第24集 唯有离别才是人生吗？
本集万众瞩目的织田大魔王终于上线了，在桶狭间的时候并没有露脸。公元1567年，信长上洛拥立足利义昭成为幕府将军。此时今川家的衰退已经是不可避免的了，德川家康名为织田信长的盟友，实则是其家臣。织田信长要把女儿德姬嫁给德川家康与筑山殿的儿子德川信康，直虎母亲家（新野家）的三女儿阿樱要作为今川的人质嫁给太原雪斋本家的庵原家的儿子，二女儿桔梗要嫁到北条家臣的儿子，直虎的奶妈阿竹年老决定离开，直虎不舍，阿竹的侄女阿梅代替阿竹照顾直虎。
战国时期的女人们大都作为政治工具嫁来嫁去，身不由己。比如家康的母亲和祖母，家康的儿媳阿江与，阿江与的母亲阿市，但是最可怜的莫过于家康的妻子筑山殿，是被家康派家臣所杀。
第25集 抱木而飞
今川氏真有感于德川家的威胁，决定打击和德川家颇有渊源的井伊家。龙云丸们砍伐的木材通过中间商人运往德川，今川家决定以此罪名打击井伊家。在龙云丸的运作下木材如数交给了今川家，使得今川家不能怀疑井伊家的忠诚。今川家为了打击武田信玄，解救武田义信，决定联合北条家一起对武田家断盐，而仁义的上杉谦信却不想以此手段制服武田。
第26集 城是为谁而存在的
今川家把井伊家送来的木材送到气贺筑城，龙云丸等想阻扰，直虎主动挺身而出，帮助气贺重新恢复生机。直虎赢得人心，想在气贺筑城归井伊管辖。
第27集 气贺在我手中
时间来到1567年底，武田家的武田义信切腹自杀，这标志着甲骏相三国同盟的正式破裂，武田信玄即将侵占今川的领地，而软弱无能的今川氏真沉溺于蹴鞠和能乐中，直虎派家臣收买今川家臣，成功得到了统治气贺的权利并在气贺筑城。龙云丸等利用气贺附近的水域，在湖里筑城，利用潮汐原理使城池易守难攻。
第28集 遗愿清单
寿桂尼知道自己大限将至，想为今川家做最后的事情。先是不辞辛苦地拜访武田信玄，想解救武田义信的妻子阿玲和她的女儿，虽然武田信玄当场没有答应，在早川殿和北条幻庵的帮助下解救了她们。寿桂尼接见了直虎，并断言直虎今后肯定会背叛今川家，让今川氏真杀死直虎。直虎能不能逃过这一劫呢？
第29集 女人的挽歌
公元1568年（永禄11年）3月24日，为今川家尽忠到最后一刻的寿桂尼终于离开了人世，享年80岁，她不会想到短短1年后，今川家就被武田家和德川家联手瓜分。直虎想让德川和上杉结盟以遏制武田的野心，可是德川最终与武田结盟，小小的井伊不得不投靠德川，德川让直虎交出阿莜作为人质，虎松和阿莜不得不含泪作别。
第30集 溃败的诸人
今川氏真贯彻寿桂尼的遗言，认为直虎和政次勾结在一起不可信任，一定要至井伊家于死地，今川氏真下达密令给濑户方久，让他在气贺准备修筑仓库。濑户方久不得不答应，然而政次在龙云丸的帮助下了解了事情的真相。今川氏真派遣心腹让直虎下达原来的德政令，百姓们爱戴直虎，决定向今川家请愿收回德政令。气急败坏的今川氏真决定杀死虎松，直接让井伊家绝后。
第31集 虎松的首级
小野突然发难，直虎不得不实施德政令，井伊家族的所有成员被赶出井伊谷。小野作为今川家的代理人，然而今川氏真还是不相信小野的忠心。小野被迫杀死虎松表忠心，在家臣的保护下虎松已经安全逃离，小野杀死了一个病重的男孩作为虎松的代替。直虎对小野虽然信任，但还是有所疑心。不过战火即将到来，小野和井伊家的命运又会如何呢？
第32集 复仇之火
武田和德川灭亡今川的战役打响，武田和德川一路势如破竹，今川的家臣见大势已去，纷纷投降于武田和德川。直虎与政次商量要依附于德川，但是之前的井伊三人众抢先向德川投诚，并设计陷害政次。
第33集 被嫌弃的政次的一生
为了救政次，直虎被井伊三人众抓住，而德川家康在得知武田家已经攻破骏府，赶走今川氏真之后，不能停下脚步处理井伊的家事。为了解决直虎的危机，政次挺身而出，被三人众抓住杀死。龙云丸想救出政次，政次拒绝他的好意，并嘱托龙云丸好好照顾直虎。在政次要被处以碟刑的时刻，直虎强忍悲痛亲手将政次用枪刺死，政次死在心爱的人面前，死也瞑目了。。。
约君纵黑白，独坐待君至。夕阳照斜晖，其间亦可喜。 ——政次的辞世诗
第34集 隐藏于港的龙云丸
直虎在亲手杀死政次之后精神恍惚，默默地在下棋，还没有接受政次已死的事实。德川面临着两面夹击的困境，濑户方久向家康献上武器和粮草，但气贺又被今川方占领了，濑户方久只好逃到德川的领地。龙云丸带着手下逃到船只上，也被今川家控制住，德川家与今川家在气贺进行激烈的争夺，龙云丸的弟兄们纷纷战死，最后德川家占领了这里。
第35集 苏醒的人们
龙云丸被直虎救起，在直虎的精心照料下恢复了健康。濑户深感自己贩卖武器给人们带来的伤亡，决心剃度出家研习医术，做起药材生意。德川家康一路势如破竹，攻打了今川家的挂川城，与今川氏真议和，今川氏真和妻子早川殿过上了平凡的生活，今川家灭亡了。武田信玄面对德川家康的成功，有所不满，决定杀杀德川家的威风。
第36集 井伊家最后的一天
面对即将到来的战争，直虎已经决定暂时不复兴井伊家，并且让众人到近藤家和松下家谋生。虎松、阿夏等去了松下家，虎松成为松下家的养子；其他家臣和高濑姬去了近藤家。尽管大家都舍不得，但是为了继续生存下去，选择了韬光养晦。龙云丸向直虎表白，二人隐居起来。今川氏真逃到了妻子的娘家北条家，北条-德川-上杉一起对抗武田，达到了暂时的平衡。但是北条氏康的突然死亡，武田-北条重新结盟，今川氏真和早川殿又不得不寻求德川家康的庇护。濑名姬质问家康为何要灭亡井伊家，家康的母亲于大之方出面训斥了濑名，并且向家康介绍侧室。元龟三年（公元1572年）武田终于出兵上洛，前方的命运又是如何呢？
第37集 武田踏火而来
直虎和龙云丸过上了男耕女织的生活，并想去堺，开始新的生活。濑户方久也找到了自己的伴侣，就是直虎母亲的侄女，直虎的表妹——菖蒲小姐。可是，武田信玄的上洛野望终于开始了，首先派兵攻打德川家康的远江领地，武田赤备一路势不可挡，德川家康向织田信长乞求援兵，可是久盼不至，德川家康想割让远江求和。正在此时，织田家派遣大将前来增援，德川家康不得以面对数倍于己的武田大军，在三方原大败，屁滚尿流地逃到了滨松城。井伊的地盘被杀死小野的近藤所占，高濑竟是武田的间谍，武田忍者让高濑伺机杀死近藤，高濑犹豫不决。直虎等人希望近藤投降于武田，但是不肯屈服的近藤，放火烧毁了井伊谷城。
第三十八回 随井伊而去
武田信玄得知城池被烧、领民皆逃，下令直接放火烧毁井伊谷城。高濑向近藤下毒，被直虎识破，直虎和龙云丸看到了高濑的反常举动，知道了高濑是武田的间谍，也原谅了她。寿桂尼的冤魂找武田信玄索命，武田信玄横死，德川家康顺势大举反攻。龙云丸去了堺，直虎留下来帮助井伊复兴。公元1574年，在直亲13周年祭的日子里，虎松归来了。
第三十九回 虎松的野望
虎松为了振兴井伊家，打算去德川家入仕，但是是以生父井伊家的名义，还是以养父松下家的名义，虎松陷入了两难的境地。德川家康把选择权交给了虎松，虎松坚定地选择了井伊家的姓氏，不惜得罪养父松下家。德川家康为他的忠义所感动，将其改名为井伊万千代，小野的遗孤也被改名为小野万福。但是，德川家康却让虎松去当草履夫——进门看鞋的工作。
第四十回 天正的草履夫
管理草鞋的工作十分辛苦，也收到了德川家臣们的刁难和难为，井伊万千代很快调整了心态，并且改正了工作方法。直虎本来想劝说万千代恢复松下家的名字，但意外受到德川家康的郑重接待，并且德川家康因为之前对井伊的见死不救十分遗憾，打算复兴井伊家，直虎与未来的天下人家康推心置腹，深受感动。虎松的养父终于体谅了万千代的行为，井伊家和松下家合为一体。另一方面，在京都游览的今川氏真受到信长所邀，为信长表演蹴鞠。今川氏真平静地接受了杀父仇人信长的邀请，两家冰释前嫌。井伊万千代将这一平凡的工作完成的十分出色，德川家康决定将这个青年培养成德川家出色的武将。
第四十一回 在玄关的一角
井伊万千代的工作顺利进行，德川家康及众家臣对其才智充分肯定，一个神秘的男人——本多正信出现在万千代面前，这也是未来在本能寺之变后帮助家康伊势穿越的重要人物之一。直虎此时正在协调井伊家、松下家、近藤家的关系，家康让井伊家准备500根木材，直虎写信告知家康现在井伊归近藤管辖，让近藤准备即可。但近藤手下并无擅长伐木之人，这时一直被嫌弃的奥山右卫门大展身手。公元1575年，万千代15岁了，想参加长筱之战，但家康拒绝了他。
第四十二回 栅栏伫立于长篠
时间已经来到了公元1575年夏天，根据织田信长的命令，德川-织田联军在设乐原利用木材打造了三重木栅栏以抵抗武田家的骑兵赤备，武田胜赖久攻长筱城不下，不听山县昌景等老臣的劝告，遗憾败北，山县昌景等武田家的重臣相继战死，武田家从此一蹶不振，这就是史上有名的长筱之战。织田信长想把珍贵的茶碗送给女婿德川信康，但信康婉言谢绝，织田信长有点畏惧自己的女婿。最终织田信长把茶碗送给了近藤家，但近藤认为此过于贵重，送给了龙潭寺。与此同时，井伊万千代在长滨留守，不辞辛劳，他的努力终于赢得了德川家康及众家臣们的肯定。
第四十三回 恩赏之彼方
长筱之战后，需要对有战功的将领论功行赏，德川家康需要协调各方面的利益，不得不牺牲濑名和信康的利益，这也为未来二人之死埋下了伏笔。井伊万千代顺利升为了家康身边的小姓，得到了家康的信任，做好了论功行赏的工作，也代表家康前往冈崎安抚了信康和濑名。甚兵卫发现井伊家因为伐木出现了山体滑波的现象，直虎和近藤只好寻求松下家的帮助，万千代帮助画好了植树的图纸，但不肯直接向直虎索要药材，拜托松下家帮忙索要。1578年，松树已经种好，但是甚兵卫不幸去世了，这时万千代和万福要上战场的事情传来，阿夏决定出家为他们祈福，这时直虎的母亲生病了。
第四十四回 井伊谷的玫瑰
万千代和万福在战场上立功，成功抓住了潜入家康卧室的武田间谍，被家康授予1万石的领地，万千代想趁机恢复井伊家的家名，并且成为家督，直虎对此既感欣慰，又感到无奈。此时，直虎的母亲生了重病，自知时日无多，亲友们纷纷前来安慰，直虎和万千代见面后针锋相对，互不让步。1578年夏，直虎的母亲安详去世，井伊万千代成功地在德川家崭露头角。随之而来的是德川信康和濑名姬无以复加的悲剧。
第四十五回 魔王的祭品
被万千代抓住的间谍竟然是信康的侍从，德川家康所率的滨松派与德川信康所率的冈崎派发生了不可调和的矛盾，家康命令信康的家臣不得居住在冈崎城下，信康及其家臣只得拼命杀敌建立功勋。1579年夏，家康的侧室生下一子长丸（日后的二代将军德川秀忠，阿江的第三任丈夫），消息传到冈崎，筑山殿和信康感到了危机。筑山殿为信康纳妾，可侧室却是武田旧臣的女儿。织田信长不想看到德川家做大，想拉拢德川信康，授予信康官位，信康不想成为信长的棋子，果断拒绝。信长捏造德姬的信件，在酒井忠次面前指责德川信康勾结武田意图谋反，酒井忠次为了德川家康只得承认信康谋反。于大之方让家康杀掉信康，濑名苦苦哀求，信康却相信家康会还自己一个清白。
第四十六回 关于恶女
德川家康想救信康的性命，一方面拜托今川氏真让德川家与北条家结盟一起对抗武田家，另一方面将信康不断变更关押地点，以此来拖延时间。但是心急如焚的濑名为了儿子的性命，要求石川数正伪造自己与武田家勾结的书信，并伪装成畏罪潜逃的假象。家康看到伪造的书信，明白了濑名的苦心，一方面要求万千代让濑名躲到直虎那里，一方面派出家臣追杀濑名。濑名包揽下所有的罪名，拜托石川数正帮助信康后，慷慨赴死。濑名的首级被送给了德川家康，今川氏真也赶来，却见不到濑名最后一面。德川家康把濑名的首级献给信长，信长却执意要信康的首级，信康无奈自杀。德川家康在短短的一月里丧妻丧子，百感交集，于大之方也为二人的死深感惋惜，直虎鼓励万千代代替濑名和信康继续照顾家康，万千代安慰痛苦不堪的家康，使之重新振作起来。
第四十七回 决战于高天神
家康很快从丧妻丧子的悲痛中走了出来，首先团结了在冈崎城信康原来的家臣，石川数正本来想为濑名和信康殉死，但被其他家臣救了下来，所有的家臣都团结到了德川家康的身边。德川想要占领武田攻占的骏河，先要拿下武田在远江的据点高天神城。家康采用断水断粮的策略逼迫武田守军投降，奈何织田拒绝让武田投降，家康只好与走投无路的武田对决，最后成功拿下高天神城。井伊万千代的领地也增加至两万石，原来井伊家的家臣中野和新野也成为万千代的家臣辅佐万千代。1582年武田家灭亡，德川家如愿加封骏河一国，家康回想当初在骏河当今川人质，与濑名、信康在一起辛福生活的时光，令人唏嘘不已。
第四十八回 信长，滨松来了哟
武田家灭亡后，织田信长率一行人到家康的领地骏河、远江一带视察，德川家康不敢怠慢，盛情款待了信长一众。然而，信长此行的真正目的是调查家康的底细，并回请家康携家臣前往安土赴宴，趁机杀死家康及其家臣。明智光秀是计划的具体执行人，并对信长不满许久，想借刀杀人杀死信长，便把计划告知了今川氏真，并把自己的儿子交给氏真作为人质。今川氏真觉得把人质放在骏河会被信长所知，便偷偷把孩子送到井伊家。直虎收留了这个来路不明的小孩，并且用计得知氏真的所作所为，直虎与氏真摊牌，氏真把明智光秀的计划全盘告知。家康与直虎相商，决定参与此次鸿门宴，既是为濑名信康报仇，也是为了天下太平。
第四十九回 本能寺之变
德川家康一行人如约来到安土城，发现穴山信君一行人也来到了这里，家康不由得怀疑明智光秀是否有诈，但是他们受到了明智光秀的热情招待，明智光秀告诉家康打算执行暗杀计划，然而织田信长得知羽柴秀吉进攻四国计划受挫，要求明智光秀率兵支援，光秀情急之下惹怒了信长，信长当着众人的面把光秀打得头破血流。晚上，信长亲自招待家康向他表示歉意。与此同时，直虎来到了堺，遇到了九年未见的龙云丸，二人商量起家康的逃亡路线。然而，光秀对于谋反一事犹豫不决，家康也看出信长并无谋害之意，这一切都是光秀自导自演的一出戏。直虎让龙云丸假装成从京都逃走的商人，借机骗家康离开，但是本能寺之变还是发生了，家康一行人狼狈逃走，穴山信君被蒙在鼓里，被野武士杀死。家康想为信长报仇，但是考虑到以后未来局势仍不明朗，家康决定先占领穴山信君的领地。
第五十回 石之继承者
明智光秀谋反的消息传来，羽柴秀吉邀请德川家康出兵为信长报仇，家康立即出兵，但是秀吉在短短数日内击败光秀，光秀兵败被杀，家康立即率兵攻打武田旧领。与此同时，直虎和龙云丸告别，龙云丸乘船出海，直虎回到井伊谷要把光秀的儿子——自然安顿好，但是家康的生母于大为了避免德川家再次陷入谋反的嫌疑中，要求万千代杀死自然，织田家的家臣也得知光秀之子的事情，前来问罪。直虎谎称自然是信长的私生子，并拿出当年信长赐给井伊的茶碗和信件，织田家臣悻悻离去。直虎在让自然出家，安排好新野家的桔梗、樱的出路后，积劳成疾，风寒加重而死，直虎在死前看到了已经去世的直亲和小野，还有死于海难的云龙丸。家康、万千代得知直虎的死讯甚为悲伤，万千代不负众望，成功帮助德川与武田缔结和约，元服后改名“井伊直政”，也建立了威风凛凛的赤备军，在小牧山—长久手之战中击败羽柴军，后来在关原之战中帮助德川取胜，成为大大名，并辅佐了德川幕府260年，不过这都是后话了。
唯一的遗憾是直虎并没有看到战国乱世的真正结束，但是得以看到乱世结束的曙光也是最大的欣慰了。井伊作为乱世中一个地方土豪，没有办法像毛利家一样成为战国大名，前期受今川家压迫，后期受武田的侵略，家臣虎视眈眈，外界强敌环伺，最后跟对了成为幕府将军的德川家，才确保了三百多年来的富贵荣华，可谓来之不易。直虎的一生大多都是在小小的井伊谷城中，家族几番濒临灭绝，但就是在这样的逆境中才得以涅槃重生，从井伊直亲，到小野政次，再到龙云丸，直虎的人生也许并不孤单。
