htseq实在太慢了,尝试一下featureCounts
1.下载安装
https://sourceforge.net/projects/subread/
或者
sudo apt install subread # 1.6.0 当前最新版为1.6.4
conda subread
2.参数相关
先试试水:
featureCounts -T 6 -p -a gencode.v29lift37.annotation.gtf -o f4.txt 4h.bam
速度虽然没有传说的快,但也很厉害了,看了一下可能限速的是硬盘,硬盘的使用率一直上不来,又要更新硬件了....