《百年孤独》的主题是多义莫明的，而其象征隐喻使其情节更加扑朔迷离。然而，纵观全书，以下三大方面最为突出：
重复的悲剧
与其说这是一个奇怪的现象，不如说成是宿命，因为布恩迪亚家族的后代们都继承了前代的秉性，连同悲惨的命运。更有趣的是重复的名字像是标签一样将他们分成了性格迥异的几类人，而乌尔苏拉从家族漫长历史上重复命名的传统中也得出这一结论：“所有叫奥雷里亚诺的都性格孤僻，但头脑敏锐，富于洞察力；所有叫何塞·阿尔卡蒂奥的都性格冲动，富于事业心，但命中注定带有悲剧色彩。”这两类人形成了鲜明对比，像是走着两条相反的路，然而其结局又殊途同归，唯一的共同点是家传的孤独气质，让一切又回到了原点。全书的情节正是围绕那些“奥雷里亚诺”、“阿尔卡蒂奥”、“蕾梅黛丝”、“阿玛兰妲”、“乌尔苏拉”（见布恩迪亚家谱）展开的，他们就好像是镜中的另一个自己，而羊皮书预言马孔多为镜子之城也正应验了这一点——布恩迪亚家族的宿命轮回就像是镜子一样。
我们能够想象，当两面镜子对立的时候，就能从一面镜子中看到这一面在另一面中的像。这是一个很有趣的现象，因为每一面镜子里都能看到镜子套着镜子再套着镜子再套着镜子……这时，平面镜拥有了深度，无休止的镜子的套叠犹如向内伸展的时空隧道，光在两面镜子之间徒劳地重复着反射的过程，直到最终消失在隧道深处无光的黑暗中。布恩迪亚家族的人们就是如此重复着周而复始的命运，他们被困在彼此的对应之中，如同光无法逃离两面镜子的囚禁，这个家族也无法走出命运的怪圈，直到这个孤独的家族在百年后耗尽自身，永远消失在飓风之中。
这现象早在何塞·阿尔卡蒂奥·布恩迪亚某天似乎参透了羊皮书真谛而陷入永久的谵妄所见到的景象时埋下了伏笔：“他花了六个小时观察各种事物，试图找出一分一毫与前一天的不同之处，期待发现某种变化能证明时间的流逝……星期五，他在谁都没起床时又去观察外界的状况，最后彻底确认了仍是星期一。”
更有趣的是在乌尔苏拉失明之后只用剩余的四种感官便轻而易举地关注到家里每个人的动静和每一个角落，因为“她发现家里的每个人每天都在无意中重复同样的路线，做同样的事，甚至在同一时刻说同样的话。”而正是这种重复导致了家族的悲剧，尽管布恩迪亚家族为马孔多创造或引进许多新事物，依旧改变不了灭亡的悲剧。那基于本质的孤独之上的无止境的探求只是加速了悲剧发生的催化剂。
魔幻的现实
马尔克斯作为魔幻现实主义代表作家，全书最具魔幻色彩的地方莫过于展现神秘的拉美。许多我们以为死气沉沉的东西，在马尔克斯的“魔杖”挥舞下似乎都具有了神奇的魔力，而且令人不可思议的是，它们突破了人们惯常的认识，将读者带进一个神奇的魔幻空间，感官的灵敏度仿佛被放大了许多倍，感觉周遭都是活的气息，比如神秘莫测的吉普赛人、会飞的魔毯、戴上能使人青春焕发的假牙、会传染的失眠症、咯啦咯啦不停作响的骨殖、下了接近五年的暴雨、深奥难解的羊皮书、和死亡相联系的橙色圆盘、布恩迪亚家真实的鬼魂们……
《百年孤独》就好像是预言家凭空想象出来的故事一般，因为小说真有那么两个关键性的预言家（贯穿始终的线索人物）——梅尔基亚德斯和庇拉尔·特尔内拉——在谋篇布局主导着一切。这是作者有意安排的暗线，主线上是布恩迪亚家族的大起大落，而两位暗线人物总是恰到好处地出现，让故事能按着预言的轨道更好地发展下去。预言本是玄奥虚幻的东西，然而在小说里都顺理成章地应验了。当然，这也是作者有意将拉美玛雅预言援引进小说。
梅尔基亚德斯到底是一个神秘莫测的吉普赛人，就如布恩迪亚家族为他的墓碑提上仅对他的全部了解的“梅尔基亚德斯”一样。早已因热病死于新加坡沙洲上的人，却又奇迹般出现，将马孔多的所有人从失眠症的梦魇中解救出来，而再次死后又以魂魄的形式出现在布恩迪亚的男人们面前，和那记载着布恩迪亚家族命运的羊皮书一起，促使他们疯狂地陷入解读羊皮书之谜的使命当中。这正体现着拉丁美洲的魔幻之处：保持与亡灵的联系，这和阿拉丁神灯中藏着宿主有异曲同工之妙。
除了梅尔基亚德斯，庇拉尔·特尔内拉也是小说中一个见证了布恩迪亚家族从初创到灭亡全过程的神秘人。她不像梅尔基亚德斯全程作为局外人，而是通过性关系参与到家族中来。布恩迪亚家从第三代起（除了17个外来儿）都成了她的子孙，而从此布恩迪亚家族血脉里的爱恨情仇和淫乱也似乎因这个女人的出现而愈演愈烈。她的出现为布恩迪亚家族的孤独劈开了另一个豁口，让孤独往情欲中去寻找发泄的出路（梅尔基亚德斯则是让布恩迪亚家族的孤独在理性的专注中升华）。
小说中还有一些象征隐喻的写法，比如文中各种各样的黄色的东西：小黄花、黄蝴蝶、黄玫瑰、黄荞糊、金黄色的衣服、金黄色的马、金黄色的钱币、金黄色的小鱼。这种频繁出现的黄色的东西具有深刻的象征意义，因为黄色是印第安人视为凶兆的颜色，是根据有关虎神传说引伸而来的。马尔克斯将黄色当作书中一切腐败没落、死亡、离散、苦难的象征。在小说中，只要是出现了黄色的东西，就会伴随着发生一些不幸的灾难，如死亡、衰败和病患；或者反映人物的某种心境，如孤独、郁闷等等。当然，文中也多次出现预示着死亡的橙色圆盘（不要误以为是UFO）以及阿玛兰妲·乌尔苏拉所描述的死亡彼岸的“橙色呼啸”和“隐形球体”，而小说的魔幻色彩远不止这些……
永恒的孤独
读完这本书的时候，我满脑子都是这个家族每一个人的身影。他们都那么鲜活，那么特立独行，那么孤独于世！马尔克斯像是在所有文字上都施了魔咒，我一边看书，一边胸中涌上莫大的悲哀！
孤独是本书最大的也是一个永恒的主题，书里的每一个人都在用不同的方式来表达和宣泄自己的孤独。何塞•阿尔卡蒂奥•布恩蒂亚——这家族的第一人——疯狂地追求吉普赛人带来的先进文化与科技来排解孤独,以致于陷入谵妄而被绑到院子的栗树上。乌尔苏拉——这家族中最长寿的人——用疯狂的劳动来使这个“尽出疯子的家庭”稍显正常，深谙家里的每一个人，但到最后，她将过去与现在完全混淆，只剩默默的祈祷。丽贝卡——食土和墙皮来驱除孤独——晚年后住进土耳其大街上的一间房子，她曾经在泥土的味道中，在皮埃特罗•克雷斯皮芬芳的书信里，在丈夫如狂风暴雨的床塌上徒劳地寻寻觅觅，最终却在这个家中找到安宁。奥雷里亚诺•布恩蒂亚上校，发动过三十二场武装起义，与十七个女人生下十七个儿子，一夜之间被逐个除掉。他逃过十四次暗杀，七十三次伏击和一次枪决。他成年后几乎一直在战斗，但却不知道为了什么而战，在生命的最后阶段，一直在炼金室里制作小金鱼，做了拆，拆了做，以求得内心的平静（上校承受的孤独介于神和人的孤独，神的孤独是自由意识里的桀骜，而人的孤独在于信仰破灭时人性的游离迷茫）。阿玛兰妲，为了与丽贝卡争夺皮埃特罗•克雷斯皮，想尽一切办法，却在前者和何塞•阿尔卡蒂奥结婚后，先后拒绝了皮埃特罗•克雷斯皮和赫里内勒多•马尔克斯上校及她的侄子奥雷里亚诺•何塞的求婚。后来死神让她即日起做一件精美的寿衣，还告诉她会死在完工的当天傍晚。于是她一直在重复地织寿衣，最终也如期离开。美人儿蕾梅黛丝永远停留在天真烂漫的童年，对各样人情世故越发排斥，喜欢光着身子在房子里走，因为感觉穿胸衣和衬裙费事儿而缝制了一件麻布长袍，因为感觉修剪，整理头发费事儿，而把垂至腿肚的长发剪掉。这不禁让我想起了《不能承受的生命之轻》中特蕾莎母亲的话：在这个世界里，青春和美貌是无意义的，世界只不过是一个巨大的肉体集中营，一具具肉体彼此相像，而灵魂是根本看不见的。她始终如孩子般生活，与家里的氛围格格不入，最终她却在众目睽睽之下消失于“连飞的最高的回忆之鸟也无法企及的高邈空间”。奥雷里亚诺第二，他的一生中前期由于和情妇一起圈养的牲畜的不可思议的繁殖力——“她的爱具有催化自然的能力”——可谓极度奢华，曾用纸币糊满整个房间，好宾客，喜交游。他死后，生前好友留下的花圈上的悼词写着“让一让，母牛们，生命短暂啊！”梅梅，她厌恶母亲对自己生活的安排，爱上母亲深恶痛绝的香蕉公司的一个工人，在浴室偷情被母亲发现后送到修道院，生下一个私生子，多年后衰老而死，终生一言未发。阿玛兰妲•乌尔苏拉，同样被送到外地留学，她和丈夫回到家乡后极尽欢愉，最终却也在自己的丈夫出差之际和自己的侄子小奥雷里亚诺厮守，生下带有猪尾巴的孩子，自己分娩后失血过多而死。小奥雷里亚诺，梅梅的私生子，幽禁于家中苦读，知识渊博，致力于破译吉卜赛智者梅尔基亚德斯留下的羊皮书上的梵文。后来迷恋姨妈阿玛兰妲·乌尔苏拉，并与之结合，丧妻失子后突然大彻大悟，发现羊皮书上预言的整个家族的历史，而马孔多也毁灭在飓风中……
布恩迪亚家族的孤独是与生俱来的。这种孤独深入骨髓，是布恩迪亚家族的宿命。无论是情欲的放纵还是专注的研究，或披荆斩棘寻找出路和引进新事物，以及对自由的抗争等等，都无法改变孤独的本质——寻找自己。孤独造就了他们，也毁灭了他们。他们除了孤独，一无所有。而这种孤独所带来的特立独行和“各自为政”正是导致了家族和马孔多的衰落。家族中的几代人，夫妻、父子、母女、兄弟姐妹之间，几乎如出一辙的没有感情沟通，缺乏信任和了解，孤独、苦闷和互相猜忌。
马尔克斯在《百年孤独》获得诺贝尔奖时说：孤独的反义词的团结。自19世纪中期到20世纪七十年代的一个多世纪里，愚昧闭塞和混乱是百年不变的内因，而美国人、独裁者是外因。拉丁美洲的命运，不是前进，而是徘徊，经历了百年，又回到原位。而真正的孤独恐怕正映衬着羊皮书上的预言——无人能够理解栗树下的谵语以及肉体为蚂蚁侵食而尽的苍凉。
