大纲
- 第一步 了解conda——“linux的应用商店”
conda 类似于windows系统中的Microsoft Store
- 第二步 给linux云服务器下载conda（精华版miniconda）
- 第三步 安装和配置miniconda
- 第四步（重点） 使用miniconda安装、查看、卸载生信需要的软件（本节以fastqc为例）
类似于在windows软件商店中下载biliibli软件
一、conda介绍
- 参考公众号《生信星球》生信小白第3天-linux的App Store
- 日常生信使用Miniconda即可
二、下载miniconda
- xshell中查看服务器是多少位的
uname -a - 下载链接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
linux下有64-bit（x86_64）、32-bit（x86）两种版本 - 选择最新版本（latest），右键，复制下载链接
- xshell中新建biosoft目录（#存放生信软件）
mkdir biosoft wget 下载链接
windows系统，左键选中为复制，右键点一下粘贴
下载miniconda.png
sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，类似于安装包，安装失败时，.sh不用重新下载，还可以用；删除命令
rm
三、安装、配置miniconda
1.安装 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
按Enter或输
yes跳过版权信息
按回车键.png
按回车键.png
输`yes`.png
按回车键（默认存储路径/home/bio03/miniconda3）.png
输`yes`.png
安装成功.png
2. 激活 source ~/.bashrc
命令行输入
conda，若出现满屏信息说明成功
激活成功.png
-
若安装不成功：删除miniconda目录
rm miniconda，再重新安装
3. 添加镜像
镜像网站：conda在国外，我们在国内下载软件速度慢，所以配置镜像
- 复制以下代码到命令行
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
xshell windows系统，左键选中为复制，右键点一下粘贴
添加镜像.png
四、使用miniconda
利用miniconda查看、安装、卸载生信软件（以fastqc为例）
1. 查看服务器上安装的所有软件列表 conda list
查看已有软件列表.png
2. 安装fastqc软件 conda install fastqc -y
-y是yes，即安装过程中的问题均回答yes
安装fastqc软件.png
3. 确认是否安装成功 fastqc --help或conda list
输入
fastqc --help，如果出现一大片文字，即安装成功。该大片文字为软件的帮助文档
确认fastqc软件安装成功.png
或
输入
conda list查看所有已有软件列表，看是否有fastqc
确认fastqc软件安装成功.png
4. 卸载fastqc软件 conda remove fastqc -y
卸载fastqc软件.png
验证fastqc卸载成功.png
学无余力，到此结束啦，嘻嘻~
